TY - JOUR AU - Wendel, J. F. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genome evolution in plants JO - Plant Mol Biol VL - 42 UR - https://doi.org/10.1023/A:1006392424384 DO - 10.1023/A:1006392424384 ID - Wendel2000 ER - TY - JOUR AU - Cronn, R. AU - Wendel, J. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Cryptic trysts, genomic mergers, and plant speciation JO - New Phytol VL - 161 UR - https://doi.org/10.1111/j.1469-8137.2004.00947.x DO - 10.1111/j.1469-8137.2004.00947.x ID - Cronn2004 ER - TY - JOUR AU - Soltis, D. E. AU - Soltis, P. S. AU - Tate, J. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Advances in the study of polyploidy since plant speciation JO - New Phytol VL - 161 UR - https://doi.org/10.1046/j.1469-8137.2003.00948.x DO - 10.1046/j.1469-8137.2003.00948.x ID - Soltis2004 ER - TY - JOUR AU - Blanc, G. AU - Wolfe, K. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Widespread paleopolyploidy in model plant species inferred from age distributions of duplicate genes JO - Plant Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.021345 DO - 10.1105/tpc.021345 ID - Blanc2004 ER - TY - JOUR AU - Cui, L. AU - Wall, P. K. AU - Leebens-Mack, J. H. AU - Lindsay, B. G. AU - Soltis, D. E. AU - Carlson, J. E. AU - Arumuganathan, K. AU - Barakat, A. AU - Albert, V. A. AU - Ma, H. AU - dePamphilis, C. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Widespread genome duplications throughout the history of flowering plants JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.4825606 DO - 10.1101/gr.4825606 ID - Cui2006 ER - TY - JOUR AU - Schlueter, J. A. AU - Dixon, P. AU - Granger, C. AU - Grant, D. AU - Clark, L. AU - Doyle, J. J. AU - Shoemaker, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - EST databases to resolve evolutionary events in major crop species JO - Genome VL - 47 UR - https://doi.org/10.1139/g04-047 DO - 10.1139/g04-047 ID - Schlueter2004 ER - TY - BOOK PY - 1980 DA - 1980// TI - Polyploidy: Biological Relevance PB - Plenum CY - New York ID - ref7 ER - TY - BOOK AU - Grant, V. PY - 1981 DA - 1981// TI - Plant Speciation PB - Columbia CY - New York ID - Grant1981 ER - TY - JOUR AU - Hijmans, R. J. AU - Gavrilenko, T. AU - Stephenson, S. AU - Bamberg, J. AU - Salas, A. AU - Spooner, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Geographical and environmental range expansion through polyploidy in wild potatoes (Solanum section Petota) JO - Glob Ecol Biogeogr VL - 16 UR - https://doi.org/10.1111/j.1466-8238.2007.00308.x DO - 10.1111/j.1466-8238.2007.00308.x ID - Hijmans2007 ER - TY - JOUR AU - Leitch, A. R. AU - Leitch, I. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genomic plasticity and the diversity of polyploid plants JO - Science VL - 320 UR - https://doi.org/10.1126/science.1153585 DO - 10.1126/science.1153585 ID - Leitch2008 ER - TY - JOUR AU - Nuismer, S. L. AU - Thompson, J. N. PY - 2001 DA - 2001// TI - Plant polyploidy and non-uniform effects on insect herbivores JO - Proc R Soc Lond B Biol Sci VL - 268 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.2001.1760 DO - 10.1098/rspb.2001.1760 ID - Nuismer2001 ER - TY - JOUR AU - Osborn, T. AU - Pires, J. AU - Birchler, J. AU - Auger, D. AU - Chen, Z. AU - Lee, H. -. S. AU - Comai, L. AU - Madlung, A. AU - Doerge, R. W. AU - Colot, V. AU - Martienssen, R. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Understanding mechanisms of novel gene expression in polyploids JO - Trends Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(03)00015-5 DO - 10.1016/S0168-9525(03)00015-5 ID - Osborn2003 ER - TY - JOUR AU - Adams, K. L. AU - Wendel, J. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Polyploidy and genome evolution in plants JO - Curr Opin Plant Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.pbi.2005.01.001 DO - 10.1016/j.pbi.2005.01.001 ID - Adams2005 ER - TY - JOUR AU - Chen, Z. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genetic and epigenetic mechanisms for gene expression and phenotypic variation in plant polyploids JO - Annu Rev Plant Biol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.arplant.58.032806.103835 DO - 10.1146/annurev.arplant.58.032806.103835 ID - Chen2007 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. L. AU - Tian, L. AU - Lee, H. S. AU - Wei, N. E. AU - Jiang, H. M. AU - Watson, B. AU - Madlung, A. AU - Osborn, T. C. AU - Doerge, R. W. AU - Comai, L. AU - Chen, Z. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genomewide nonadditive gene regulation in Arabidopsisallotetraploids JO - Genetics VL - 172 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.105.047894 DO - 10.1534/genetics.105.047894 ID - Wang2006 ER - TY - JOUR AU - Hegarty, M. J. AU - Barker, G. L. AU - Wilson, I. D. AU - Abbott, R. J. AU - Edwards, K. J. AU - Hiscock, S. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Transcriptome shock after interspecific hybridization in Seneciois ameliorated by genome duplication JO - Curr Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2006.06.071 DO - 10.1016/j.cub.2006.06.071 ID - Hegarty2006 ER - TY - JOUR AU - Adams, K. L. AU - Liu, Z. PY - 2007 DA - 2007// TI - Expression partitioning between genes duplicated by polyploidy under abiotic stress and during organ development JO - Curr Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2007.08.030 DO - 10.1016/j.cub.2007.08.030 ID - Adams2007 ER - TY - JOUR AU - Adams, K. L. AU - Wendel, J. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Allele-specific, bi-directional silencing of an alcohol dehydrogenase gene in different organs of interspecific cotton hybrids JO - Genetics VL - 17 ID - Adams2006 ER - TY - JOUR AU - Hovav, R. AU - Udall, J. A. AU - Chaudhary, B. AU - Rapp, R. AU - Flagel, L. AU - Wendel, J. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Partitioned expression of duplicated genes during development of a single cell in a polyploid plant JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0711569105 DO - 10.1073/pnas.0711569105 ID - Hovav2008 ER - TY - JOUR AU - Flagel, L. E. AU - Udall, J. A. AU - Nettleton, D. AU - Wendel, J. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Duplicate gene expression in allopolyploid Gossypiumreveals two temporally distinct modes of expression evolution JO - BMC Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1741-7007-6-16 DO - 10.1186/1741-7007-6-16 ID - Flagel2008 ER - TY - JOUR AU - Wendel, J. F. AU - Cronn, R. C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Polyploidy and the evolutionary history of cotton JO - Adv Agron VL - 78 UR - https://doi.org/10.1016/S0065-2113(02)78004-8 DO - 10.1016/S0065-2113(02)78004-8 ID - Wendel2003 ER - TY - JOUR AU - Senchina, D. S. AU - Alvarez, I. AU - Cronn, R. C. AU - Liu, B. AU - Rong, J. K. AU - Noyes, R. D. AU - Paterson, A. H. AU - Wing, R. A. AU - Wilkins, T. A. AU - Wendel, J. F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Rate variation among nuclear genes and the age of polyploidy in Gossypium JO - Mol Biol Evol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msg065 DO - 10.1093/molbev/msg065 ID - Senchina2003 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Tian, L. AU - Madlung, A. AU - Lee, H. -. S. AU - Chen, M. AU - Lee, J. J. AU - Watson, B. AU - Kagochi, T. AU - Comai, L. AU - Chen, Z. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Stochastic and epigenetic changes of gene expression in Arabidopsispolyploids JO - Genetics VL - 167 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.104.027896 DO - 10.1534/genetics.104.027896 ID - Wang2004 ER - TY - JOUR AU - Swanson-Wagner, R. A. AU - Jia, Y. AU - DeCook, R. AU - Borsuk, L. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - All possible modes of gene action are observed in a global comparison of gene expression in a maize F1 hybrid and its inbred parents JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0510430103 DO - 10.1073/pnas.0510430103 ID - Swanson-Wagner2006 ER - TY - JOUR AU - Ana Conesa, S. G. AU - García-Gómez, J. M. AU - Terol, J. AU - Talón, M. AU - Robles, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Blast2GO: A universal tool for annotation, visualization and analysis in functional genomics research JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti610 DO - 10.1093/bioinformatics/bti610 ID - Ana Conesa2005 ER - TY - JOUR AU - Chen, M. AU - Ha, M. AU - Lackey, E. AU - Wang, J. AU - Chen, Z. PY - 2008 DA - 2008// TI - RNAi of met1 reduces DNA methylation and induces genome-specific changes in gene expression and centromeric small RNA accumulation in Arabidopsisallopolyploids JO - Genetics VL - 178 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.107.086272 DO - 10.1534/genetics.107.086272 ID - Chen2008 ER - TY - JOUR AU - Liu, B. AU - Brubaker, C. L. AU - Mergeai, G. AU - Cronn, R. C. AU - Wendel, J. F. PY - 2001 DA - 2001// TI - Polyploid formation in cotton is not accompanied by rapid genomic changes JO - Genome VL - 44 UR - https://doi.org/10.1139/g01-011 DO - 10.1139/g01-011 ID - Liu2001 ER - TY - JOUR AU - Riddle, N. C. AU - Birchler, J. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Effects of reunited diverged regulatory hierarchies in allopolyploids and species hybrids JO - Trends Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2003.09.005 DO - 10.1016/j.tig.2003.09.005 ID - Riddle2003 ER - TY - JOUR AU - Comai, L. AU - Madlung, A. AU - Joseffson, C. AU - Tyagi, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Do the different parental "heteromes" cause genomic shock in newly formed allopolyploids? JO - Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci VL - 358 UR - https://doi.org/10.1098/rstb.2003.1305 DO - 10.1098/rstb.2003.1305 ID - Comai2003 ER - TY - JOUR AU - Osborn, T. C. AU - Butrulle, D. V. AU - Sharpe, A. G. AU - Pickering, K. J. AU - Parkin, I. A. P. AU - Parker, J. S. AU - Lydiate, D. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Detection and effects of a homeologous reciprocal transposition in Brassica napus JO - Genetics VL - 165 ID - Osborn2003 ER - TY - JOUR AU - Adams, K. L. AU - Wendel, J. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Novel patterns of gene expression in polyploid plants JO - Trends Genet VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2005.07.009 DO - 10.1016/j.tig.2005.07.009 ID - Adams2005 ER - TY - JOUR AU - Beasley, J. O. PY - 1941 DA - 1941// TI - Hybridization, cytology, and polyploidy of Gossypium JO - Chronica Botanica VL - 6 ID - Beasley1941 ER - TY - JOUR AU - Brubaker, C. L. AU - Brown, A. D. H. AU - Stewart, J. M. c. D. AU - Kilby, M. J. AU - Grace, J. P. PY - 1999 DA - 1999// TI - Production of fertile hybrid germplasm with diploid Australian Gossypiumspecies for cotton improvement JO - Euphytica VL - 108 UR - https://doi.org/10.1023/A:1003641217653 DO - 10.1023/A:1003641217653 ID - Brubaker1999 ER - TY - JOUR AU - Beasley, J. O. PY - 1940 DA - 1940// TI - The production of polyploids in Gossypium JO - J Hered VL - 31 ID - Beasley1940 ER - TY - JOUR AU - Beasley, J. O. PY - 1940 DA - 1940// TI - The origin of American tetraploid Gossypiumspecies JO - Am Nat VL - 74 UR - https://doi.org/10.1086/280895 DO - 10.1086/280895 ID - Beasley1940 ER - TY - JOUR AU - Beasley, J. O. PY - 1942 DA - 1942// TI - Meiotic chromosome behavior in species, species hybrids, haploids, and induced polyploids of Gossypium JO - Genetics VL - 27 ID - Beasley1942 ER - TY - CHAP AU - Wilkins, T. A. AU - Smart, L. B. ED - Krieg, P. A. PY - 1996 DA - 1996// TI - Isolation of RNA from plant tissue BT - A Laboratory Guide to RNA Isolation, Analysis, and Synthesis PB - Wiley-Liss CY - New York ID - Wilkins1996 ER - TY - JOUR AU - Udall, J. A. AU - Swanson, J. M. AU - Haller, K. AU - Rapp, R. A. AU - Sparks, M. E. AU - Hatfield, J. AU - Yu, Y. AU - Wu, Y. AU - Dowd, C. AU - Arpat, A. B. AU - Sickler, B. A. AU - Wilkins, T. A. AU - Guo, J. Y. AU - Chen, X. Y. AU - Scheffler, J. AU - Taliercio, E. AU - Turley, R. AU - McFadden, H. AU - Payton, P. AU - Klueva, N. AU - Allen, R. AU - Zhang, D. AU - Haigler, C. AU - Wilkerson, C. AU - Suo, J. AU - Schulze, S. R. AU - Pierce, M. L. AU - Essenberg, M. AU - Kim, H. AU - Llewellyn, D. J. AU - Dennis, E. S. AU - Kudrna, D. AU - Wing, R. AU - Paterson, A. H. AU - Soderlund, C. AU - Wendel, J. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - A global assembly of cotton ESTs JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.4602906 DO - 10.1101/gr.4602906 ID - Udall2006 ER - TY - JOUR AU - Cronn, R. C. AU - Small, R. L. AU - Haselkorn, T. AU - Wendel, J. F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Rapid diversification of the cotton genus (Gossypium: Malvaceae) revealed by analysis of sixteen nuclear and chloroplast genes JO - Am J Bot VL - 89 UR - https://doi.org/10.3732/ajb.89.4.707 DO - 10.3732/ajb.89.4.707 ID - Cronn2002 ER - TY - JOUR AU - Hovav, R. AU - Udall, J. A. AU - Chaudhary, B. AU - Hovav, E. AU - Flagel, L. AU - Hu, G. AU - Wendel, J. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - The evolution of spinnable cotton fiber entailed prolonged development and a novel metabolism JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0040025 DO - 10.1371/journal.pgen.0040025 ID - Hovav2007 ER - TY - JOUR AU - Chaudhary, B. AU - Hovav, R. AU - Rapp, R. A. AU - Verma, N. AU - Udall, J. A. AU - Wendel, J. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Global analysis of gene expression in cotton fibers from wild and domesticated Gossypium barbadense JO - Evol Dev VL - 10 UR - https://doi.org/10.1111/j.1525-142X.2008.00272.x DO - 10.1111/j.1525-142X.2008.00272.x ID - Chaudhary2008 ER - TY - JOUR AU - Hubbell, E. AU - Liu, W. -. M. AU - Mei, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Robust estimators for expression analysis JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.12.1585 DO - 10.1093/bioinformatics/18.12.1585 ID - Hubbell2002 ER - TY - BOOK PY - 2007 DA - 2007// TI - R: A Language and Environment for Statistical Computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna ID - ref43 ER - TY - CHAP AU - Storey, J. D. AU - Tibshirani, R. ED - Parmigiani, G. ED - Garrett, E. S. ED - Irizarry, R. A. ED - Zeger, S. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - SAM thresholding and false discovery rates for detecting differential gene expression in DNA microarrays BT - The Analysis of Gene Expression Data: Methods and Software PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/0-387-21679-0_12 DO - 10.1007/0-387-21679-0_12 ID - Storey2003 ER -