From: Gene duplication and fragmentation in the zebra finch major histocompatibility complex
Chicken | Zebra Finch | Â | Â | |||
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Gene | # loci | Chr# | Locus ID | Chr# | Coordinates and orientation (+/-) | Ensembl ID |
CD1 | 2 | 16 | 1 | 12 | 36510 -- 39728 (+) | - |
 |  |  | 2 | 12 | 31218 -- 32904 (+) | ENSTGUG00000003538 |
TNXB | 1 | 16 | Â | - | - | - |
CYP21 | 1 | 16 | Â | 22_random | 5,200 - 8,483 | ENSTGUG00000003380 |
CENP-A | 1 | 16 | Â | Un | Contig 19574 (-) | ENSTGUG00000016809 |
C4 | 1 | 16 | Â | - | - | - |
TAP1 | 1 | 16 | Â | 14_random | 8635 -- 8114 (-) | ENSTGUG00000015337 |
TAP2 | 1 | 16 | Â | - | Â | - |
Class I | 2 (+MHC-Y) | 16 | 1 | 22_random | 954 -- 3750 (+) | ENSTGUG00000017273 |
 |  |  | ψ L | Un | Contig 5002 (-) | - |
 |  |  | ψ L | Un | Contig 19247 (+) | ENSTGUG00000016646 |
 |  |  | ψ L | Un | Contig 43472 (-) | - |
 |  |  | ψ L | Un | Contig 237 (+) | - |
 |  |  | ψ L | Un | Contig 5814 (+) | - |
 |  |  | ψ L | Un | Contig 29268 (-) | ENSTGUG00000014179 |
 |  |  | ψ L | Un | Contig 24227 (-) | ENSTGUG00000015460 |
 |  |  | ψ L | Un | Contig 19531 (-) |  |
 |  |  | ψ L | Un | Contig 1325 (-) | ENSTGUG00000016290 |
 |  |  | ψ C | Un | Contig 237 (+) | ENSTGUG00000015195 |
 |  |  | ψ O | 16_random | 79190 -- 79374 (+) |  |
DMA | 1 | 16 | Â | - | - | - |
DMB | 2 | 16 | Â | - | - | - |
BRD2 | 1 | 16 | Â | Un | Contig 10922 | Â |
Class IIB | 2 (+MHC-Y) | 16 | 1 | Un | Contig 1486 (-) | ENSTGUG00000013745 |
 |  |  | 1 | Un | Contig 3597 (-) | ENSTGUG00000016075 |
 |  |  | 1 | Un | Contig 12575 (-) | ENSTGUG00000015634 |
 |  |  | 1 | Un | Contig 648 (+) | ENSTGUG00000014620 |
 |  |  | 1 | Un | Contig 926 (+) | ENSTGUG00000017149 |
 |  |  | 1 | Un | Contig 3052 (-) | ENSTGUG00000014503 |
 |  |  | 1 | Un | Contig 11727 (+) | ENSTGUG00000015020 |
 |  |  | 2 | Un | Contig 395 (+) | ENSTGUG00000016844 |
 |  |  | 2 | Un | Contig 4424 (-) | ENSTGUG00000014905 |
 |  |  | 3 | Un | Contig 2943 (+) | ENSTGUG00000014233 |
 |  |  | 4 | Un | Contig 11297 (-) | ENSTGUG00000014649 |
 |  |  | ψ L | Un | Contig 3510 (-) | ENSTGUG00000015846 |
 |  |  | ψ M | 22_random | 279244-283106(+) | ENSTGUG00000017281 |
 |  |  | ψ M | Un | Contig 3181 (-) | - |
 |  |  | ψ Q | 7_random | 92325-103474 (+) | ENSTGUG00000016701 |
 |  |  | ψ R | Un | - | ENSTGUG00000017139 |
 |  |  | ψ T | 22_random | - | ENSTGUG00000017280 |
TAPBP | 1 | 16 | Â | - | - | - |
Blec1 | 1 | 16 | Â | Z | 64162080 -- 64162784 (+) | ENSTGUG00000005208 |
NKr | 1 | 16 | Â | Z | 64155557 -- 64154733 (-) | - |
BG | 3 | 16 | Â | - | - | - |
TRIM41 | 1 | 16 | Â | - | - | - |
TRIM27 | 1 | 16 | Â | Z | 64166328 -- 64164434 (-) | ENSTGUG00000005203 |
TRIM39 | 1 | 16 | Â | Un | Contig 15508 (+) | ENSTGUG00000014157 |
TRIM27.2 | 1 | 16 | Â | - | - | - |
TRIM7 | 1 | 16 | Â | 16_random | 756 -- 1262 (+) | ENSTGUG00000015652 |
LAO | 1 | 16 | Â | 16_random | 127,342-132,827 (+) | ENSTGUG00000016298 |
TRIM7.2 | 1 | 16 | Â | 16_random | 147414 -- 164815 (+) | ENSTGUG00000015672 |
KIFC1 | 1 | 16 | Â | 22_random | 7,798-8,481 (+) | - |
Class IIA | 1 | 16 Un | Â | Un | Contig 28013 (+) | - |
CIITA | 1 | 14 | Â | 14 | 6294135 -- 6303566 (+) | ENSTGUG00000004838 |
Ii | 1 | 13 | Â | 13 | 6774603 -- 6780145 (+) | ENSTGUG00000000882 |
B2M | 1 | 10 | Â | 10 | - | ENSTGUG00000004607 |