TY - JOUR AU - Misteli, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Beyond the sequence: cellular organization of genome function JO - Cell VL - 128 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.01.028 DO - 10.1016/j.cell.2007.01.028 ID - Misteli2007 ER - TY - JOUR AU - Spector, D. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Nuclear domains JO - J Cell Sci VL - 114 ID - Spector2001 ER - TY - JOUR AU - Phair, R. D. AU - Misteli, T. PY - 2000 DA - 2000// TI - High mobility of proteins in the mammalian cell nucleus JO - Nature VL - 404 UR - https://doi.org/10.1038/35007077 DO - 10.1038/35007077 ID - Phair2000 ER - TY - JOUR AU - Kusumi, A. AU - Tsunoyama, T. A. AU - Hirosawa, K. M. AU - Kasai, R. S. AU - Fujiwara, T. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Tracking single molecules at work in living cells JO - Nat Chem Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nchembio.1558 DO - 10.1038/nchembio.1558 ID - Kusumi2014 ER - TY - JOUR AU - Cognet, L. AU - Leduc, C. AU - Lounis, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Advances in live-cell single-particle tracking and dynamic super-resolution imaging JO - Curr Opin Chem Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.cbpa.2014.04.015 DO - 10.1016/j.cbpa.2014.04.015 ID - Cognet2014 ER - TY - BOOK AU - Zhao, Z. PY - 2015 DA - 2015// TI - Probing the spatio-temporal organizations and dynamics of gene expression and DNA replication in the mammalian cell nucleus. 2015, Doctoral dissertation, Harvard University, Graduate School of Arts & Sciences ID - Zhao2015 ER - TY - JOUR AU - Tokunaga, M. AU - Imamoto, N. AU - Sakata-Sogawa, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Highly inclined thin illumination enables clear single-molecule imaging in cells JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth1171 DO - 10.1038/nmeth1171 ID - Tokunaga2008 ER - TY - JOUR AU - Chen, B. -. C. AU - Legant, W. R. AU - Wang, K. AU - Shao, L. AU - Milkie, D. E. AU - Davidson, M. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - Lattice light-sheet microscopy: imaging molecules to embryos at high spatiotemporal resolution JO - Science VL - 346 UR - https://doi.org/10.1126/science.1257998 DO - 10.1126/science.1257998 ID - Chen2014 ER - TY - JOUR AU - Gebhardt, J. C. M. AU - Suter, D. M. AU - Roy, R. AU - Zhao, Z. W. AU - Chapman, A. R. AU - Basu, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Single-molecule imaging of transcription factor binding to DNA in live mammalian cells JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2411 DO - 10.1038/nmeth.2411 ID - Gebhardt2013 ER - TY - JOUR AU - Ritter, J. G. AU - Veith, R. AU - Veenendaal, A. AU - Siebrasse, J. P. AU - Kubitscheck, U. PY - 2010 DA - 2010// TI - Light sheet microscopy for single molecule tracking in living tissue JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011639 DO - 10.1371/journal.pone.0011639 ID - Ritter2010 ER - TY - JOUR AU - Cella Zanacchi, F. AU - Lavagnino, Z. AU - Perrone Donnorso, M. AU - Bue, A. AU - Furia, L. AU - Faretta, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Live-cell 3D super-resolution imaging in thick biological samples JO - Nat Methods VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1744 DO - 10.1038/nmeth.1744 ID - Cella Zanacchi2011 ER - TY - JOUR AU - Zhao, Z. W. AU - Roy, R. AU - Gebhardt, J. C. M. AU - Suter, D. M. AU - Chapman, A. R. AU - Xie, X. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Spatial organization of RNA polymerase II inside a mammalian cell nucleus revealed by reflected light-sheet superresolution microscopy JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 111 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1318496111 DO - 10.1073/pnas.1318496111 ID - Zhao2014 ER - TY - JOUR AU - Gao, L. AU - Shao, L. AU - Higgins Christopher, D. AU - Poulton John, S. AU - Peifer, M. AU - Davidson Michael, W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Noninvasive imaging beyond the diffraction limit of 3D dynamics in thickly fluorescent specimens JO - Cell VL - 151 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.10.008 DO - 10.1016/j.cell.2012.10.008 ID - Gao2012 ER - TY - JOUR AU - Keppler, A. AU - Gendreizig, S. AU - Gronemeyer, T. AU - Pick, H. AU - Vogel, H. AU - Johnsson, K. PY - 2003 DA - 2003// TI - A general method for the covalent labeling of fusion proteins with small molecules in vivo JO - Nat Biotech VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nbt765 DO - 10.1038/nbt765 ID - Keppler2003 ER - TY - JOUR AU - Gautier, A. AU - Juillerat, A. AU - Heinis, C. AU - Corrêa, I. R. AU - Kindermann, M. AU - Beaufils, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - An engineered protein tag for multiprotein labeling in living cells JO - Chem Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2008.01.007 DO - 10.1016/j.chembiol.2008.01.007 ID - Gautier2008 ER - TY - JOUR AU - Los, G. V. AU - Encell, L. P. AU - McDougall, M. G. AU - Hartzell, D. D. AU - Karassina, N. AU - Zimprich, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - HaloTag: a novel protein labeling technology for cell imaging and protein analysis JO - ACS Chem Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1021/cb800025k DO - 10.1021/cb800025k ID - Los2008 ER - TY - JOUR AU - Bertrand, E. AU - Chartrand, P. AU - Schaefer, M. AU - Shenoy, S. M. AU - Singer, R. H. AU - Long, R. M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Localization of ASH1 mRNA particles in living yeast JO - Mol Cell VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/S1097-2765(00)80143-4 DO - 10.1016/S1097-2765(00)80143-4 ID - Bertrand1998 ER - TY - JOUR AU - Chao, J. A. AU - Patskovsky, Y. AU - Almo, S. C. AU - Singer, R. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Structural basis for the coevolution of a viral RNA-protein complex JO - Nat Struct Mol Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb1327 DO - 10.1038/nsmb1327 ID - Chao2008 ER - TY - STD TI - Nelles DA, Fang MY, O’Connell MR, Xu JL, Markmiller SJ, Doudna JA, et al. Programmable RNA tracking in live cells with CRISPR/Cas9. Cell. 2016;165(2):488–96. ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Raj, A. AU - Bogaard, P. AU - Rifkin, S. A. AU - Oudenaarden, A. AU - Tyagi, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Imaging individual mRNA molecules using multiple singly labeled probes JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1253 DO - 10.1038/nmeth.1253 ID - Raj2008 ER - TY - JOUR AU - Ruan, Q. AU - Cheng, M. A. AU - Levi, M. AU - Gratton, E. AU - Mantulin, W. W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Spatial-temporal studies of membrane dynamics: scanning fluorescence correlation spectroscopy (SFCS) JO - Biophys J VL - 87 UR - https://doi.org/10.1529/biophysj.103.036483 DO - 10.1529/biophysj.103.036483 ID - Ruan2004 ER - TY - JOUR AU - Dertinger, T. AU - Pacheco, V. AU - Hocht, I. AU - Hartmann, R. AU - Gregor, I. AU - Enderlein, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Two-focus fluorescence correlation spectroscopy: a new tool for accurate and absolute diffusion measurements JO - ChemPhysChem VL - 8 UR - https://doi.org/10.1002/cphc.200600638 DO - 10.1002/cphc.200600638 ID - Dertinger2007 ER - TY - JOUR AU - Burkhardt, M. AU - Schwille, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Electron multiplying CCD based detection for spatially resolved fluorescence correlation spectroscopy JO - Opt Express VL - 14 UR - https://doi.org/10.1364/OE.14.005013 DO - 10.1364/OE.14.005013 ID - Burkhardt2006 ER - TY - JOUR AU - Bacia, K. AU - Kim, S. A. AU - Schwille, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Fluorescence cross-correlation spectroscopy in living cells JO - Nat Methods VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth822 DO - 10.1038/nmeth822 ID - Bacia2006 ER - TY - JOUR AU - Hebert, B. AU - Costantino, S. AU - Wiseman, P. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Spatiotemporal image correlation spectroscopy (STICS) theory, verification, and application to protein velocity mapping in living CHO cells JO - Biophys J VL - 88 UR - https://doi.org/10.1529/biophysj.104.054874 DO - 10.1529/biophysj.104.054874 ID - Hebert2005 ER - TY - JOUR AU - Digman, M. A. AU - Brown, C. M. AU - Sengupta, P. AU - Wiseman, P. W. AU - Horwitz, A. R. AU - Gratton, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Measuring fast dynamics in solutions and cells with a laser scanning microscope JO - Biophys J VL - 89 UR - https://doi.org/10.1529/biophysj.105.062836 DO - 10.1529/biophysj.105.062836 ID - Digman2005 ER - TY - JOUR AU - Hinde, E. AU - Cardarelli, F. AU - Digman, M. A. AU - Gratton, E. PY - 2010 DA - 2010// TI - In vivo pair correlation analysis of EGFP intranuclear diffusion reveals DNA-dependent molecular flow JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1006731107 DO - 10.1073/pnas.1006731107 ID - Hinde2010 ER - TY - JOUR AU - Elson, E. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Fluorescence correlation spectroscopy: past, present, future JO - Biophys J VL - 101 UR - https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.012 DO - 10.1016/j.bpj.2011.11.012 ID - Elson2011 ER - TY - JOUR AU - Macháň, R. AU - Wohland, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Recent applications of fluorescence correlation spectroscopy in live systems JO - FEBS Lett VL - 588 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2014.03.056 DO - 10.1016/j.febslet.2014.03.056 ID - Macháň2014 ER - TY - JOUR AU - Angiolini, J. AU - Plachta, N. AU - Mocskos, E. AU - Levi, V. PY - 2015 DA - 2015// TI - Exploring the dynamics of cell processes through simulations of fluorescence microscopy experiments JO - Biophys J VL - 108 UR - https://doi.org/10.1016/j.bpj.2015.04.014 DO - 10.1016/j.bpj.2015.04.014 ID - Angiolini2015 ER - TY - JOUR AU - Dix, J. A. AU - Hom, E. F. Y. AU - Verkman, A. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Fluorescence correlation spectroscopy simulations of photophysical phenomena and molecular interactions: a molecular dynamics/Monte Carlo approach JO - J Phys Chem B VL - 110 UR - https://doi.org/10.1021/jp055840k DO - 10.1021/jp055840k ID - Dix2006 ER - TY - JOUR AU - Kaur, G. AU - Costa, M. W. AU - Nefzger, C. M. AU - Silva, J. AU - Fierro-González, J. C. AU - Polo, J. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Probing transcription factor diffusion dynamics in the living mammalian embryo with photoactivatable fluorescence correlation spectroscopy JO - Nat Commun VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms2657 DO - 10.1038/ncomms2657 ID - Kaur2013 ER - TY - JOUR AU - Capoulade, J. AU - Wachsmuth, M. AU - Hufnagel, L. AU - Knop, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Quantitative fluorescence imaging of protein diffusion and interaction in living cells JO - Nat Biotech VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1928 DO - 10.1038/nbt.1928 ID - Capoulade2011 ER - TY - JOUR AU - Wohland, T. AU - Shi, X. AU - Sankaran, J. AU - Stelzer, E. H. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Single plane illumination fluorescence correlation spectroscopy (SPIM-FCS) probes inhomogeneous three-dimensional environments JO - Opt Express VL - 18 UR - https://doi.org/10.1364/OE.18.010627 DO - 10.1364/OE.18.010627 ID - Wohland2010 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. AU - Muller, J. D. AU - So, P. T. AU - Gratton, E. PY - 1999 DA - 1999// TI - The photon counting histogram in fluorescence fluctuation spectroscopy JO - Biophys J VL - 77 UR - https://doi.org/10.1016/S0006-3495(99)76912-2 DO - 10.1016/S0006-3495(99)76912-2 ID - Chen1999 ER - TY - JOUR AU - Digman, M. A. AU - Dalal, R. AU - Horwitz, A. F. AU - Gratton, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping the number of molecules and brightness in the laser scanning microscope JO - Biophys J VL - 94 UR - https://doi.org/10.1529/biophysj.107.114645 DO - 10.1529/biophysj.107.114645 ID - Digman2008 ER - TY - JOUR AU - Axelrod, D. AU - Koppel, D. E. AU - Schlessinger, J. AU - Elson, E. AU - Webb, W. W. PY - 1976 DA - 1976// TI - Mobility measurement by analysis of fluorescence photobleaching recovery kinetics JO - Biophys J VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0006-3495(76)85755-4 DO - 10.1016/S0006-3495(76)85755-4 ID - Axelrod1976 ER - TY - JOUR AU - Lippincott-Schwartz, J. AU - Altan-Bonnet, N. AU - Patterson, G. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Photobleaching and photoactivation: following protein dynamics in living cells JO - Nat Cell Biol VL - 5 ID - Lippincott-Schwartz2003 ER - TY - JOUR AU - Dunn, G. A. AU - Dobbie, I. M. AU - Monypenny, J. AU - Holt, M. R. AU - Zicha, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Fluorescence localization after photobleaching (FLAP): a new method for studying protein dynamics in living cells JO - J Microscopy VL - 205 UR - https://doi.org/10.1046/j.0022-2720.2001.001007.x DO - 10.1046/j.0022-2720.2001.001007.x ID - Dunn2002 ER - TY - JOUR AU - Sprague, B. L. AU - Pego, R. L. AU - Stavreva, D. A. AU - McNally, J. G. PY - 2004 DA - 2004// TI - Analysis of binding reactions by fluorescence recovery after photobleaching JO - Biophys J VL - 86 UR - https://doi.org/10.1529/biophysj.103.026765 DO - 10.1529/biophysj.103.026765 ID - Sprague2004 ER - TY - JOUR AU - Wüstner, D. AU - Solanko, L. M. AU - Lund, F. W. AU - Sage, D. AU - Schroll, H. J. AU - Lomholt, M. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Quantitative fluorescence loss in photobleaching for analysis of protein transport and aggregation JO - BMC Bioinformatics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-296 DO - 10.1186/1471-2105-13-296 ID - Wüstner2012 ER - TY - JOUR AU - Mueller, F. AU - Wach, P. AU - McNally, J. G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Evidence for a common mode of transcription factor interaction with chromatin as revealed by improved quantitative fluorescence recovery after photobleaching JO - Biophys J VL - 94 UR - https://doi.org/10.1529/biophysj.107.123182 DO - 10.1529/biophysj.107.123182 ID - Mueller2008 ER - TY - JOUR AU - Mueller, F. AU - Morisaki, T. AU - Mazza, D. AU - McNally, J. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Minimizing the impact of photoswitching of fluorescent proteins on FRAP analysis JO - Biophys J VL - 102 UR - https://doi.org/10.1016/j.bpj.2012.02.029 DO - 10.1016/j.bpj.2012.02.029 ID - Mueller2012 ER - TY - JOUR AU - Erdel, F. AU - Rippe, K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Quantifying transient binding of ISWI chromatin remodelers in living cells by pixel-wise photobleaching profile evolution analysis JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1209579109 DO - 10.1073/pnas.1209579109 ID - Erdel2012 ER - TY - JOUR AU - Zhao, Z. W. AU - Gebhardt, J. C. M. AU - Suter, D. M. AU - Xie, X. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Reply to “Convergence of chromatin binding estimates in live cells” JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2574 DO - 10.1038/nmeth.2574 ID - Zhao2013 ER - TY - JOUR AU - Li, G. -. W. AU - Xie, X. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Central dogma at the single-molecule level in living cells JO - Nature VL - 475 UR - https://doi.org/10.1038/nature10315 DO - 10.1038/nature10315 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Giannone, G. AU - Hosy, E. AU - Levet, F. AU - Constals, A. AU - Schulze, K. AU - Sobolevsky Alexander, I. PY - 2010 DA - 2010// TI - Dynamic superresolution imaging of endogenous proteins on living cells at ultra-high density JO - Biophys J VL - 99 UR - https://doi.org/10.1016/j.bpj.2010.06.005 DO - 10.1016/j.bpj.2010.06.005 ID - Giannone2010 ER - TY - JOUR AU - Manley, S. AU - Gillette, J. M. AU - Patterson, G. H. AU - Shroff, H. AU - Hess, H. F. AU - Betzig, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - High-density mapping of single-molecule trajectories with photoactivated localization microscopy JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1176 DO - 10.1038/nmeth.1176 ID - Manley2008 ER - TY - JOUR AU - Lubeck, E. AU - Cai, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Single-cell systems biology by super-resolution imaging and combinatorial labeling JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2069 DO - 10.1038/nmeth.2069 ID - Lubeck2012 ER - TY - JOUR AU - Coleman, R. A. AU - Liu, Z. AU - Darzacq, X. AU - Tjian, R. AU - Singer, R. H. AU - Lionnet, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Imaging transcription: past, present, and future JO - Cold Spring Harb Symp Quant Biol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1101/sqb.2015.80.027201 DO - 10.1101/sqb.2015.80.027201 ID - Coleman2015 ER - TY - JOUR AU - Coulon, A. AU - Chow, C. C. AU - Singer, R. H. AU - Larson, D. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Eukaryotic transcriptional dynamics: from single molecules to cell populations JO - Nat Rev Genet VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3484 DO - 10.1038/nrg3484 ID - Coulon2013 ER - TY - JOUR AU - Darzacq, X. AU - Yao, J. AU - Larson, D. R. AU - Causse, S. Z. AU - Bosanac, L. AU - Turris, V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Imaging transcription in living cells JO - Annu Rev Biophys VL - 38 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.050708.133728 DO - 10.1146/annurev.biophys.050708.133728 ID - Darzacq2009 ER - TY - JOUR AU - Voss, T. C. AU - Hager, G. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Dynamic regulation of transcriptional states by chromatin and transcription factors JO - Nat Rev Genet VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3623 DO - 10.1038/nrg3623 ID - Voss2014 ER - TY - JOUR AU - Hager, G. L. AU - McNally, J. G. AU - Misteli, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Transcription dynamics JO - Mol Cell VL - 35 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2009.09.005 DO - 10.1016/j.molcel.2009.09.005 ID - Hager2009 ER - TY - JOUR AU - McNally, J. G. AU - Müller, W. G. AU - Walker, D. AU - Wolford, R. AU - Hager, G. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - The glucocorticoid receptor: rapid exchange with regulatory sites in living cells JO - Science VL - 287 UR - https://doi.org/10.1126/science.287.5456.1262 DO - 10.1126/science.287.5456.1262 ID - McNally2000 ER - TY - JOUR AU - MacQuarrie, K. L. AU - Fong, A. P. AU - Morse, R. H. AU - Tapscott, S. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genome-wide transcription factor binding: beyond direct target regulation JO - Trends Genet VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2011.01.001 DO - 10.1016/j.tig.2011.01.001 ID - MacQuarrie2011 ER - TY - JOUR AU - Becker, M. AU - Baumann, C. AU - John, S. AU - Walker, D. A. AU - Vigneron, M. AU - McNally, J. G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Dynamic behavior of transcription factors on a natural promoter in living cells JO - EMBO Rep VL - 3 UR - https://doi.org/10.1093/embo-reports/kvf244 DO - 10.1093/embo-reports/kvf244 ID - Becker2002 ER - TY - JOUR AU - Mikuni, S. AU - Tamura, M. AU - Kinjo, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Analysis of intranuclear binding process of glucocorticoid receptor using fluorescence correlation spectroscopy JO - FEBS Lett VL - 581 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2006.12.038 DO - 10.1016/j.febslet.2006.12.038 ID - Mikuni2007 ER - TY - JOUR AU - Morisaki, T. AU - Müller, W. G. AU - Golob, N. AU - Mazza, D. AU - McNally, J. G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Single-molecule analysis of transcription factor binding at transcription sites in live cells JO - Nat Commun VL - 5 ID - Morisaki2014 ER - TY - JOUR AU - Stasevich, T. J. AU - Mueller, F. AU - Michelman-Ribeiro, A. AU - Rosales, T. AU - Knutson, J. R. AU - McNally, J. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cross-validating FRAP and FCS to quantify the impact of photobleaching on in vivo binding estimates JO - Biophys J VL - 99 UR - https://doi.org/10.1016/j.bpj.2010.08.059 DO - 10.1016/j.bpj.2010.08.059 ID - Stasevich2010 ER - TY - JOUR AU - Swinstead, E. E. AU - Miranda, T. B. AU - Paakinaho, V. AU - Baek, S. AU - Goldstein, I. AU - Hawkins, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Steroid receptors reprogram FoxA1 occupancy through dynamic chromatin transitions JO - Cell VL - 165 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.02.067 DO - 10.1016/j.cell.2016.02.067 ID - Swinstead2016 ER - TY - JOUR AU - Nenseth, H. Z. AU - Dezitter, X. AU - Tesikova, M. AU - Mueller, F. AU - Klokk, T. I. AU - Hager, G. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Distinctly different dynamics and kinetics of two steroid receptors at the same response elements in living cells JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0105204 DO - 10.1371/journal.pone.0105204 ID - Nenseth2014 ER - TY - JOUR AU - Savatier, J. AU - Jalaguier, S. AU - Ferguson, M. L. AU - Cavaillès, V. AU - Royer, C. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Estrogen receptor interactions and dynamics monitored in live cells by fluorescence cross-correlation spectroscopy JO - Biochemistry VL - 49 UR - https://doi.org/10.1021/bi9013006 DO - 10.1021/bi9013006 ID - Savatier2010 ER - TY - JOUR AU - Chen, J. AU - Zhang, Z. AU - Li, L. AU - Chen, B. -. C. AU - Revyakin, A. AU - Hajj, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Single-molecule dynamics of enhanceosome assembly in embryonic stem cells JO - Cell VL - 156 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.01.062 DO - 10.1016/j.cell.2014.01.062 ID - Chen2014 ER - TY - JOUR AU - Liu, Z. AU - Legant, W. R. AU - Chen, B. -. C. AU - Li, L. AU - Grimm, J. B. AU - Lavis, L. D. PY - 2014 DA - 2014// TI - 3D imaging of Sox2 enhancer clusters in embryonic stem cells JO - eLife VL - 3 ID - Liu2014 ER - TY - JOUR AU - White, M. D. AU - Angiolini, J. F. AU - Alvarez, Y. D. AU - Kaur, G. AU - Zhao, Z. W. AU - Mocskos, E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Long-lived binding of Sox2 to DNA predicts cell fate in the four-cell mouse embryo JO - Cell VL - 165 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.02.032 DO - 10.1016/j.cell.2016.02.032 ID - White2016 ER - TY - JOUR AU - Mazza, D. AU - Abernathy, A. AU - Golob, N. AU - Morisaki, T. AU - McNally, J. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - A benchmark for chromatin binding measurements in live cells JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks701 DO - 10.1093/nar/gks701 ID - Mazza2012 ER - TY - JOUR AU - Hinow, P. AU - Rogers, C. E. AU - Barbieri, C. E. AU - Pietenpol, J. A. AU - Kenworthy, A. K. AU - DiBenedetto, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - The DNA binding activity of p53 displays reaction-diffusion kinetics JO - Biophys J VL - 91 UR - https://doi.org/10.1529/biophysj.105.078303 DO - 10.1529/biophysj.105.078303 ID - Hinow2006 ER - TY - JOUR AU - Izeddin, I. AU - Récamier, V. AU - Bosanac, L. AU - Cissé, I. I. AU - Boudarene, L. AU - Dugast-Darzacq, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Single-molecule tracking in live cells reveals distinct target-search strategies of transcription factors in the nucleus JO - eLife VL - 3 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.02230 DO - 10.7554/eLife.02230 ID - Izeddin2014 ER - TY - JOUR AU - Sugo, N. AU - Morimatsu, M. AU - Arai, Y. AU - Kousoku, Y. AU - Ohkuni, A. AU - Nomura, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Single-molecule imaging reveals dynamics of CREB transcription factor bound to its target sequence JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep10662 DO - 10.1038/srep10662 ID - Sugo2015 ER - TY - JOUR AU - Speil, J. AU - Baumgart, E. AU - Siebrasse, J. -. P. AU - Veith, R. AU - Vinkemeier, U. AU - Kubitscheck, U. PY - 2011 DA - 2011// TI - Activated STAT1 transcription factors conduct distinct saltatory movements in the cell nucleus JO - Biophys J VL - 101 UR - https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.10.006 DO - 10.1016/j.bpj.2011.10.006 ID - Speil2011 ER - TY - JOUR AU - Brazda, P. AU - Szekeres, T. AU - Bravics, B. AU - Tóth, K. AU - Vámosi, G. AU - Nagy, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Live-cell fluorescence correlation spectroscopy dissects the role of coregulator exchange and chromatin binding in retinoic acid receptor mobility JO - J Cell Sci VL - 124 UR - https://doi.org/10.1242/jcs.086082 DO - 10.1242/jcs.086082 ID - Brazda2011 ER - TY - JOUR AU - Michelman-Ribeiro, A. AU - Mazza, D. AU - Rosales, T. AU - Stasevich, T. J. AU - Boukari, H. AU - Rishi, V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Direct measurement of association and dissociation rates of DNA binding in live cells by fluorescence correlation spectroscopy JO - Biophys J VL - 97 UR - https://doi.org/10.1016/j.bpj.2009.04.027 DO - 10.1016/j.bpj.2009.04.027 ID - Michelman-Ribeiro2009 ER - TY - JOUR AU - Kloster-Landsberg, M. AU - Herbomel, G. AU - Wang, I. AU - Derouard, J. AU - Vourc’h, C. AU - Usson, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Cellular response to heat shock studied by multiconfocal fluorescence correlation spectroscopy JO - Biophys J VL - 103 UR - https://doi.org/10.1016/j.bpj.2012.07.041 DO - 10.1016/j.bpj.2012.07.041 ID - Kloster-Landsberg2012 ER - TY - JOUR AU - Mazza, D. AU - Mueller, F. AU - Stasevich, T. J. AU - McNally, J. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Convergence of chromatin binding estimates in live cells JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2573 DO - 10.1038/nmeth.2573 ID - Mazza2013 ER - TY - JOUR AU - Elf, J. AU - Li, G. -. W. AU - Xie, X. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Probing transcription factor dynamics at the single-molecule level in a living cell JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1141967 DO - 10.1126/science.1141967 ID - Elf2007 ER - TY - JOUR AU - Berg, O. G. AU - Winter, R. B. AU - Hippel, P. H. PY - 1981 DA - 1981// TI - Diffusion-driven mechanisms of protein translocation on nucleic acids. 1. Models and theory JO - Biochemistry VL - 20 UR - https://doi.org/10.1021/bi00527a028 DO - 10.1021/bi00527a028 ID - Berg1981 ER - TY - JOUR AU - Normanno, D. AU - Boudarene, L. AU - Dugast-Darzacq, C. AU - Chen, J. AU - Richter, C. AU - Proux, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Probing the target search of DNA-binding proteins in mammalian cells using TetR as model searcher JO - Nat Commun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms8357 DO - 10.1038/ncomms8357 ID - Normanno2015 ER - TY - JOUR AU - Knight, S. C. AU - Xie, L. AU - Deng, W. AU - Guglielmi, B. AU - Witkowsky, L. B. AU - Bosanac, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Dynamics of CRISPR-Cas9 genome interrogation in living cells JO - Science VL - 350 UR - https://doi.org/10.1126/science.aac6572 DO - 10.1126/science.aac6572 ID - Knight2015 ER - TY - JOUR AU - Plachta, N. AU - Bollenbach, T. AU - Pease, S. AU - Fraser, S. E. AU - Pantazis, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Oct4 kinetics predict cell lineage patterning in the early mammalian embryo JO - Nat Cell Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/ncb2154 DO - 10.1038/ncb2154 ID - Plachta2011 ER - TY - JOUR AU - Bartman, C. R. AU - Hsu, S. C. AU - Hsiung, C. C. S. AU - Raj, A. AU - Blobel, G. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Enhancer regulation of transcriptional bursting parameters revealed by forced chromatin looping JO - Mol Cell VL - 62 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2016.03.007 DO - 10.1016/j.molcel.2016.03.007 ID - Bartman2016 ER - TY - JOUR AU - Larson, D. R. AU - Fritzsch, C. AU - Sun, L. AU - Meng, X. AU - Lawrence, D. S. AU - Singer, R. H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Direct observation of frequency modulated transcription in single cells using light activation JO - eLife VL - 2 UR - https://doi.org/10.7554/eLife.00750 DO - 10.7554/eLife.00750 ID - Larson2013 ER - TY - JOUR AU - Molina, N. AU - Suter, D. M. AU - Cannavo, R. AU - Zoller, B. AU - Gotic, I. AU - Naef, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Stimulus-induced modulation of transcriptional bursting in a single mammalian gene JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1312310110 DO - 10.1073/pnas.1312310110 ID - Molina2013 ER - TY - JOUR AU - Raj, A. AU - Peskin, C. S. AU - Tranchina, D. AU - Vargas, D. Y. AU - Tyagi, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Stochastic mRNA synthesis in mammalian cells JO - PLoS Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040309 DO - 10.1371/journal.pbio.0040309 ID - Raj2006 ER - TY - JOUR AU - Senecal, A. AU - Munsky, B. AU - Proux, F. AU - Ly, N. AU - Braye Floriane, E. AU - Zimmer, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Transcription factors modulate c-Fos transcriptional bursts JO - Cell Rep VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.05.053 DO - 10.1016/j.celrep.2014.05.053 ID - Senecal2014 ER - TY - JOUR AU - Singh, A. AU - Razooky, B. AU - Cox, C. D. AU - Simpson, M. L. AU - Weinberger, L. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcriptional bursting from the HIV-1 promoter is a significant source of stochastic noise in HIV-1 gene expression JO - Biophys J VL - 98 UR - https://doi.org/10.1016/j.bpj.2010.03.001 DO - 10.1016/j.bpj.2010.03.001 ID - Singh2010 ER - TY - JOUR AU - Suter, D. M. AU - Molina, N. AU - Gatfield, D. AU - Schneider, K. AU - Schibler, U. AU - Naef, F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mammalian genes are transcribed with widely different bursting kinetics JO - Science VL - 332 UR - https://doi.org/10.1126/science.1198817 DO - 10.1126/science.1198817 ID - Suter2011 ER - TY - JOUR AU - Dar, R. D. AU - Razooky, B. S. AU - Singh, A. AU - Trimeloni, T. V. AU - McCollum, J. M. AU - Cox, C. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcriptional burst frequency and burst size are equally modulated across the human genome JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1213530109 DO - 10.1073/pnas.1213530109 ID - Dar2012 ER - TY - JOUR AU - Singer, Z. S. AU - Yong, J. AU - Tischler, J. AU - Hackett, J. A. AU - Altinok, A. AU - Surani, M. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Dynamic heterogeneity and DNA methylation in embryonic stem cells JO - Mol Cell VL - 55 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.06.029 DO - 10.1016/j.molcel.2014.06.029 ID - Singer2014 ER - TY - JOUR AU - Bahar Halpern, K. AU - Tanami, S. AU - Landen, S. AU - Chapal, M. AU - Szlak, L. AU - Hutzler, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Bursty gene expression in the intact mammalian liver JO - Mol Cell VL - 58 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2015.01.027 DO - 10.1016/j.molcel.2015.01.027 ID - Bahar Halpern2015 ER - TY - JOUR AU - Raj, A. AU - Oudenaarden, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Nature, nurture, or chance: stochastic gene expression and its consequences JO - Cell VL - 135 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.09.050 DO - 10.1016/j.cell.2008.09.050 ID - Raj2008 ER - TY - JOUR AU - Eldar, A. AU - Elowitz, M. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Functional roles for noise in genetic circuits JO - Nature VL - 467 UR - https://doi.org/10.1038/nature09326 DO - 10.1038/nature09326 ID - Eldar2010 ER - TY - JOUR AU - Abranches, E. AU - Guedes, A. M. V. AU - Moravec, M. AU - Maamar, H. AU - Svoboda, P. AU - Raj, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Stochastic NANOG fluctuations allow mouse embryonic stem cells to explore pluripotency JO - Development VL - 141 UR - https://doi.org/10.1242/dev.108910 DO - 10.1242/dev.108910 ID - Abranches2014 ER - TY - JOUR AU - Jackson, D. A. AU - Hassan, A. B. AU - Errington, R. J. AU - Cook, P. R. PY - 1993 DA - 1993// TI - Visualization of focal sites of transcription within human nuclei JO - EMBO J VL - 12 ID - Jackson1993 ER - TY - JOUR AU - Wansink, D. G. AU - Schul, W. AU - Kraan, I. AU - Steensel, B. AU - Driel, R. AU - Jong, L. PY - 1993 DA - 1993// TI - Fluorescent labeling of nascent RNA reveals transcription by RNA polymerase II in domains scattered throughout the nucleus JO - J Cell Biol VL - 122 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.122.2.283 DO - 10.1083/jcb.122.2.283 ID - Wansink1993 ER - TY - JOUR AU - Cho, W. -. K. AU - Jayanth, N. AU - English, B. P. AU - Inoue, T. AU - Andrews, J. O. AU - Conway, W. PY - 2016 DA - 2016// TI - RNA polymerase II cluster dynamics predict mRNA output in living cells JO - eLife VL - 5 ID - Cho2016 ER - TY - JOUR AU - Cisse, I. I. AU - Izeddin, I. AU - Causse, S. Z. AU - Boudarene, L. AU - Senecal, A. AU - Muresan, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Real-time dynamics of RNA polymerase II clustering in live human cells JO - Science VL - 341 UR - https://doi.org/10.1126/science.1239053 DO - 10.1126/science.1239053 ID - Cisse2013 ER - TY - JOUR AU - Chen, X. AU - Wei, M. AU - Zheng, M. M. AU - Zhao, J. AU - Hao, H. AU - Chang, L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Study of RNA polymerase II clustering inside live-cell nuclei using Bayesian nanoscopy JO - ACS Nano VL - 10 UR - https://doi.org/10.1021/acsnano.5b07257 DO - 10.1021/acsnano.5b07257 ID - Chen2016 ER - TY - JOUR AU - Ghamari, A. AU - Corput, M. P. C. AU - Thongjuea, S. AU - Cappellen, W. A. AU - IJcken, W. AU - Haren, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - In vivo live imaging of RNA polymerase II transcription factories in primary cells JO - Genes Dev VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gad.216200.113 DO - 10.1101/gad.216200.113 ID - Ghamari2013 ER - TY - JOUR AU - Nelson, D. E. AU - Ihekwaba, A. E. C. AU - Elliott, M. AU - Johnson, J. R. AU - Gibney, C. A. AU - Foreman, B. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Oscillations in NF-κB signaling control the dynamics of gene expression JO - Science VL - 306 UR - https://doi.org/10.1126/science.1099962 DO - 10.1126/science.1099962 ID - Nelson2004 ER - TY - JOUR AU - Tay, S. AU - Hughey, J. J. AU - Lee, T. K. AU - Lipniacki, T. AU - Quake, S. R. AU - Covert, M. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Single-cell NF-κB dynamics reveal digital activation and analogue information processing JO - Nature VL - 466 UR - https://doi.org/10.1038/nature09145 DO - 10.1038/nature09145 ID - Tay2010 ER - TY - JOUR AU - Ashall, L. AU - Horton, C. A. AU - Nelson, D. E. AU - Paszek, P. AU - Harper, C. V. AU - Sillitoe, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Pulsatile stimulation determines timing and specificity of NF-κB-dependent transcription JO - Science VL - 324 UR - https://doi.org/10.1126/science.1164860 DO - 10.1126/science.1164860 ID - Ashall2009 ER - TY - JOUR AU - Turner, D. A. AU - Paszek, P. AU - Woodcock, D. J. AU - Nelson, D. E. AU - Horton, C. A. AU - Wang, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Physiological levels of TNFα stimulation induce stochastic dynamics of NF-κB responses in single living cells JO - J Cell Sci VL - 123 UR - https://doi.org/10.1242/jcs.069641 DO - 10.1242/jcs.069641 ID - Turner2010 ER - TY - JOUR AU - Sero, J. E. AU - Sailem, H. Z. AU - Ardy, R. C. AU - Almuttaqi, H. AU - Zhang, T. AU - Bakal, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Cell shape and the microenvironment regulate nuclear translocation of NF-κB in breast epithelial and tumor cells JO - Mol Syst Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.15252/msb.20145644 DO - 10.15252/msb.20145644 ID - Sero2015 ER - TY - JOUR AU - Moss, B. L. AU - Elhammali, A. AU - Fowlkes, T. AU - Gross, S. AU - Vinjamoori, A. AU - Contag, C. H. PY - 2012 DA - 2012// TI - Interrogation of inhibitor of nuclear factor κB α/nuclear factor κB (IκBα/NF-κB) negative feedback loop dynamics: from single cells to live animals in vivo JO - J Biol Chem VL - 287 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M112.364018 DO - 10.1074/jbc.M112.364018 ID - Moss2012 ER - TY - JOUR AU - Yissachar, N. AU - Sharar Fischler, T. AU - Cohen Ariel, A. AU - Reich-Zeliger, S. AU - Russ, D. AU - Shifrut, E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Dynamic response diversity of NFAT isoforms in individual living cells JO - Mol Cell VL - 49 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2012.11.003 DO - 10.1016/j.molcel.2012.11.003 ID - Yissachar2013 ER - TY - JOUR AU - Nguyen, H. Q. AU - Bosco, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Gene positioning effects on expression in eukaryotes JO - Annu Rev Genet VL - 49 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-genet-112414-055008 DO - 10.1146/annurev-genet-112414-055008 ID - Nguyen2015 ER - TY - JOUR AU - Hübner, M. R. AU - Eckersley-Maslin, M. A. AU - Spector, D. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Chromatin organization and transcriptional regulation JO - Curr Opin Genet Dev VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2012.11.006 DO - 10.1016/j.gde.2012.11.006 ID - Hübner2013 ER - TY - JOUR AU - Cremer, T. AU - Cremer, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Chromosome territories JO - Cold Spring Harb Perspect Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1101/cshperspect.a003889 DO - 10.1101/cshperspect.a003889 ID - Cremer2010 ER - TY - JOUR AU - Verschure, P. J. AU - Kraan, I. AU - Manders, E. M. M. AU - Driel, R. PY - 1999 DA - 1999// TI - Spatial relationship between transcription sites and chromosome territories JO - J Cell Biol VL - 147 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.147.1.13 DO - 10.1083/jcb.147.1.13 ID - Verschure1999 ER - TY - JOUR AU - Kurz, A. AU - Lampel, S. AU - Nickolenko, J. E. AU - Bradl, J. AU - Benner, A. AU - Zirbel, R. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - Active and inactive genes localize preferentially in the periphery of chromosome territories JO - J Cell Biol VL - 135 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.135.5.1195 DO - 10.1083/jcb.135.5.1195 ID - Kurz1996 ER - TY - JOUR AU - Clemson, C. M. AU - Hall, L. L. AU - Byron, M. AU - McNeil, J. AU - Lawrence, J. B. PY - 2006 DA - 2006// TI - The X chromosome is organized into a gene-rich outer rim and an internal core containing silenced nongenic sequences JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0601069103 DO - 10.1073/pnas.0601069103 ID - Clemson2006 ER - TY - JOUR AU - Reddy, K. L. AU - Zullo, J. M. AU - Bertolino, E. AU - Singh, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Transcriptional repression mediated by repositioning of genes to the nuclear lamina JO - Nature VL - 452 UR - https://doi.org/10.1038/nature06727 DO - 10.1038/nature06727 ID - Reddy2008 ER - TY - JOUR AU - Chen, C. -. K. AU - Blanco, M. AU - Jackson, C. AU - Aznauryan, E. AU - Ollikainen, N. AU - Surka, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Xist recruits the X chromosome to the nuclear lamina to enable chromosome-wide silencing JO - Science VL - 354 UR - https://doi.org/10.1126/science.aae0047 DO - 10.1126/science.aae0047 ID - Chen2016 ER - TY - JOUR AU - Lahav, G. AU - Rosenfeld, N. AU - Sigal, A. AU - Geva-Zatorsky, N. AU - Levine, A. J. AU - Elowitz, M. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Dynamics of the p53-Mdm2 feedback loop in individual cells JO - Nat Genet VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng1293 DO - 10.1038/ng1293 ID - Lahav2004 ER - TY - JOUR AU - Hamstra, D. A. AU - Bhojani, M. S. AU - Griffin, L. B. AU - Laxman, B. AU - Ross, B. D. AU - Rehemtulla, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Real-time evaluation of p53 oscillatory behavior in vivo using bioluminescent imaging JO - Cancer Res VL - 66 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-06-1405 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-06-1405 ID - Hamstra2006 ER - TY - JOUR AU - Loewer, A. AU - Batchelor, E. AU - Gaglia, G. AU - Lahav, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Basal dynamics of p53 reveal transcriptionally attenuated pulses in cycling cells JO - Cell VL - 142 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.05.031 DO - 10.1016/j.cell.2010.05.031 ID - Loewer2010 ER - TY - JOUR AU - Purvis, J. E. AU - Karhohs, K. W. AU - Mock, C. AU - Batchelor, E. AU - Loewer, A. AU - Lahav, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - p53 dynamics control cell fate JO - Science VL - 336 UR - https://doi.org/10.1126/science.1218351 DO - 10.1126/science.1218351 ID - Purvis2012 ER - TY - JOUR AU - Batchelor, E. AU - Loewer, A. AU - Mock, C. AU - Lahav, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Stimulus-dependent dynamics of p53 in single cells JO - Mol Syst Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2011.20 DO - 10.1038/msb.2011.20 ID - Batchelor2011 ER - TY - JOUR AU - Lee, R. E. C. AU - Walker, S. R. AU - Savery, K. AU - Frank, D. A. AU - Gaudet, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Fold change of nuclear NF-κB determines TNF-induced transcription in single cells JO - Mol Cell VL - 53 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.01.026 DO - 10.1016/j.molcel.2014.01.026 ID - Lee2014 ER - TY - JOUR AU - Gaglia, G. AU - Guan, Y. AU - Shah, J. V. AU - Lahav, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Activation and control of p53 tetramerization in individual living cells JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1311126110 DO - 10.1073/pnas.1311126110 ID - Gaglia2013 ER - TY - JOUR AU - Hinde, E. AU - Yokomori, K. AU - Gaus, K. AU - Hahn, K. M. AU - Gratton, E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Fluctuation-based imaging of nuclear Rac1 activation by protein oligomerisation JO - Sci Rep VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/srep04219 DO - 10.1038/srep04219 ID - Hinde2014 ER - TY - JOUR AU - Hinde, E. AU - Cardarelli, F. AU - Gratton, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Spatiotemporal regulation of Heterochromatin Protein 1- alpha oligomerization and dynamics in live cells JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep12001 DO - 10.1038/srep12001 ID - Hinde2015 ER - TY - JOUR AU - Hinde, E. AU - Pandzic, E. AU - Yang, Z. AU - Ng, I. H. W. AU - Jans, D. A. AU - Bogoyevitch, M. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Quantifying the dynamics of the oligomeric transcription factor STAT3 by pair correlation of molecular brightness JO - Nat Commun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms11047 DO - 10.1038/ncomms11047 ID - Hinde2016 ER - TY - JOUR AU - Stasevich, T. J. AU - Hayashi-Takanaka, Y. AU - Sato, Y. AU - Maehara, K. AU - Ohkawa, Y. AU - Sakata-Sogawa, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Regulation of RNA polymerase II activation by histone acetylation in single living cells JO - Nature VL - 516 UR - https://doi.org/10.1038/nature13714 DO - 10.1038/nature13714 ID - Stasevich2014 ER - TY - JOUR AU - Bintu, L. AU - Yong, J. AU - Antebi, Y. E. AU - McCue, K. AU - Kazuki, Y. AU - Uno, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Dynamics of epigenetic regulation at the single-cell level JO - Science VL - 351 UR - https://doi.org/10.1126/science.aab2956 DO - 10.1126/science.aab2956 ID - Bintu2016 ER - TY - JOUR AU - Chen, K. H. AU - Boettiger, A. N. AU - Moffitt, J. R. AU - Wang, S. AU - Zhuang, X. PY - 2015 DA - 2015// TI - Spatially resolved, highly multiplexed RNA profiling in single cells JO - Science VL - 348 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaa6090 DO - 10.1126/science.aaa6090 ID - Chen2015 ER - TY - JOUR AU - Coskun, A. F. AU - Cai, L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Dense transcript profiling in single cells by image correlation decoding JO - Nat Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3895 DO - 10.1038/nmeth.3895 ID - Coskun2016 ER - TY - JOUR AU - Jungmann, R. AU - Avendano, M. S. AU - Woehrstein, J. B. AU - Dai, M. AU - Shih, W. M. AU - Yin, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Multiplexed 3D cellular super-resolution imaging with DNA-PAINT and Exchange-PAINT JO - Nat Methods VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2835 DO - 10.1038/nmeth.2835 ID - Jungmann2014 ER - TY - JOUR AU - Almassalha, L. M. AU - Bauer, G. M. AU - Chandler, J. E. AU - Gladstein, S. AU - Cherkezyan, L. AU - Stypula-Cyrus, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Label-free imaging of the native, living cellular nanoarchitecture using partial-wave spectroscopic microscopy JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 113 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1608198113 DO - 10.1073/pnas.1608198113 ID - Almassalha2016 ER - TY - JOUR AU - Lu, F. -. K. AU - Basu, S. AU - Igras, V. AU - Hoang, M. P. AU - Ji, M. AU - Fu, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Label-free DNA imaging in vivo with stimulated Raman scattering microscopy JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1515121112 DO - 10.1073/pnas.1515121112 ID - Lu2015 ER -