TY - JOUR AU - Qian, Q. AU - Guo, L. AU - Smith, S. M. AU - Li, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Breeding high-yield superior quality hybrid super rice by rational design JO - Natl Sci Rev VL - 3 UR - https://doi.org/10.1093/nsr/nww006 DO - 10.1093/nsr/nww006 ID - Qian2016 ER - TY - JOUR AU - Sun, J. AU - Liu, D. AU - Wang, J. -. Y. AU - Ma, D. -. R. AU - Tang, L. AU - Gao, H. AU - Xu, Z. -. J. AU - Chen, W. -. F. PY - 2012 DA - 2012// TI - The contribution of intersubspecific hybridization to the breeding of super-high-yielding japonica rice in northeast China JO - Theor Appl Genet VL - 125 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-012-1901-z DO - 10.1007/s00122-012-1901-z ID - Sun2012 ER - TY - JOUR AU - Fujisawa, M. AU - Baba, T. AU - Nagamura, Y. AU - Nagasaki, H. AU - Waki, K. AU - Vuong, H. AU - Matsumoto, T. AU - Wu, J. Z. AU - Kanamori, H. AU - Katayose, Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - The map-based sequence of the rice genome JO - Nature VL - 436 UR - https://doi.org/10.1038/nature03895 DO - 10.1038/nature03895 ID - Fujisawa2005 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. AU - Chen, L. L. AU - Xing, F. AU - Kudrna, D. A. AU - Yao, W. AU - Copetti, D. AU - Mu, T. AU - Li, W. AU - Song, J. M. AU - Xie, W. PY - 2016 DA - 2016// TI - Extensive sequence divergence between the reference genomes of two elite indica rice varieties Zhenshan 97 and Minghui 63 JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 113 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1611012113 DO - 10.1073/pnas.1611012113 ID - Zhang2016 ER - TY - JOUR AU - Du, H. AU - Ying, Y. AU - Ma, Y. AU - Qiang, G. AU - Cao, Y. AU - Zhuo, C. AU - Ma, B. AU - Ming, Q. AU - Yan, L. AU - Zhao, X. PY - 2017 DA - 2017// TI - Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms15324 DO - 10.1038/ncomms15324 ID - Du2017 ER - TY - JOUR AU - Li, R. AU - Yu, C. AU - Li, Y. AU - Lam, T. W. AU - Yiu, S. M. AU - Kristiansen, K. AU - Wang, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - SOAP2: an improved ultrafast tool for short read alignment JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp336 DO - 10.1093/bioinformatics/btp336 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Kawahara, Y. AU - Bastide, M. D. L. AU - Hamilton, J. P. AU - Kanamori, H. AU - Mccombie, W. R. AU - Shu, O. AU - Schwartz, D. C. AU - Tanaka, T. AU - Wu, J. AU - Zhou, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Improvement of the Oryza sativa Nipponbare reference genome using next generation sequence and optical map data JO - Rice VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1939-8433-6-4 DO - 10.1186/1939-8433-6-4 ID - Kawahara2013 ER - TY - JOUR AU - Li, R. AU - Li, Y. AU - Fang, X. AU - Yang, H. AU - Wang, J. AU - Kristiansen, K. AU - Wang, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - SNP detection for massively parallel whole-genome resequencing JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.088013.108 DO - 10.1101/gr.088013.108 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Wei, X. AU - Sang, T. AU - Zhao, Q. AU - Feng, Q. AU - Zhao, Y. AU - Li, C. AU - Zhu, C. AU - Lu, T. AU - Zhang, Z. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces JO - Nat Genet VL - 42 UR - https://doi.org/10.1038/ng.695 DO - 10.1038/ng.695 ID - Huang2010 ER - TY - JOUR AU - Pendleton, M. AU - Sebra, R. AU - Pang, A. W. C. AU - Ummat, A. AU - Franzen, O. AU - Rausch, T. AU - Stütz, A. M. AU - Stedman, W. AU - Anantharaman, T. AU - Hastie, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Assembly and diploid architecture of an individual human genome via single-molecule technologies JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3454 DO - 10.1038/nmeth.3454 ID - Pendleton2015 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Qian, Q. AU - Liu, Z. AU - Sun, H. AU - He, S. AU - Luo, D. AU - Xia, G. AU - Chu, C. AU - Li, J. AU - Fu, X. PY - 2009 DA - 2009// TI - Natural variation at the DEP1 locus enhances grain yield in rice JO - Nat Genet VL - 41 UR - https://doi.org/10.1038/ng.352 DO - 10.1038/ng.352 ID - Huang2009 ER - TY - JOUR AU - Ashikari, M. AU - Sakakibara, H. AU - Lin, S. AU - Yamamoto, T. AU - Takashi, T. AU - Nishimura, A. AU - Angeles, E. R. AU - Qian, Q. AU - Kitano, H. AU - Matsuoka, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Cytokinin oxidase regulates rice grain production JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1113373 DO - 10.1126/science.1113373 ID - Ashikari2005 ER - TY - JOUR AU - Sasaki, A. AU - Ashikari, M. AU - Ueguchi-Tanaka, M. AU - Itoh, H. AU - Nishimura, A. AU - Swapan, D. AU - Ishiyama, K. AU - Saito, T. AU - Kobayashi, M. AU - Khush, G. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - A mutant gibberellin–synthesis gene in rice JO - Nature VL - 416 UR - https://doi.org/10.1038/416701a DO - 10.1038/416701a ID - Sasaki2002 ER - TY - JOUR AU - Weng, J. AU - Gu, S. AU - Wan, X. AU - Gao, H. AU - Guo, T. AU - Su, N. AU - Lei, C. AU - Zhang, X. AU - Cheng, Z. AU - Guo, X. PY - 2008 DA - 2008// TI - Isolation and initial characterization of GW5, a major QTL associated with rice grain width and weight JO - Cell Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/cr.2008.307 DO - 10.1038/cr.2008.307 ID - Weng2008 ER - TY - JOUR AU - Shomura, A. AU - Izawa, T. AU - Ebana, K. AU - Ebitani, T. AU - Kanegae, H. AU - Konishi, S. AU - Yano, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Deletion in a gene associated with grain size increased yields during rice domestication JO - Nat Genet VL - 40 UR - https://doi.org/10.1038/ng.169 DO - 10.1038/ng.169 ID - Shomura2008 ER - TY - JOUR AU - Fang, Y. AU - Xie, K. AU - Xiong, L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Conserved miR164-targeted NAC genes negatively regulate drought resistance in rice JO - J Exp Bot VL - 65 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/eru072 DO - 10.1093/jxb/eru072 ID - Fang2014 ER - TY - JOUR AU - Nuruzzaman, M. AU - Manimekalai, R. AU - Sharoni, A. M. AU - Satoh, K. AU - Kondoh, H. AU - Ooka, H. AU - Kikuchi, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide analysis of NAC transcription factor family in rice JO - Gene VL - 465 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2010.06.008 DO - 10.1016/j.gene.2010.06.008 ID - Nuruzzaman2010 ER - TY - JOUR AU - Wei, X. AU - Xu, J. AU - Guo, H. AU - Jiang, L. AU - Chen, S. AU - Yu, C. AU - Zhou, Z. AU - Hu, P. AU - Zhai, H. AU - Wan, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - DTH8 suppresses flowering in rice, influencing plant height and yield potential simultaneously JO - Plant Physiol VL - 153 UR - https://doi.org/10.1104/pp.110.156943 DO - 10.1104/pp.110.156943 ID - Wei2010 ER - TY - JOUR AU - Liu, B. AU - Wei, G. AU - Shi, J. AU - Jin, J. AU - Shen, T. AU - Ni, T. AU - Shen, W. H. AU - Yu, Y. AU - Dong, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - SET DOMAIN GROUP 708, a histone H3 lysine 36-specific methyltransferase, controls flowering time in rice (Oryza sativa) JO - New Phytol VL - 210 UR - https://doi.org/10.1111/nph.13768 DO - 10.1111/nph.13768 ID - Liu2016 ER - TY - JOUR AU - Ishikawa, R. AU - Aoki, M. AU - Kurotani, K. AU - Yokoi, S. AU - Shinomura, T. AU - Takano, M. AU - Shimamoto, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Phytochrome B regulates heading date 1 (Hd1)-mediated expression of rice florigen Hd3a and critical day length in rice JO - Mol Gen Genomics VL - 285 UR - https://doi.org/10.1007/s00438-011-0621-4 DO - 10.1007/s00438-011-0621-4 ID - Ishikawa2011 ER - TY - JOUR AU - Itoh, H. AU - Nonoue, Y. AU - Yano, M. AU - Izawa, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - A pair of floral regulators sets critical day length for Hd3a florigen expression in rice JO - Nat Genet VL - 42 UR - https://doi.org/10.1038/ng.606 DO - 10.1038/ng.606 ID - Itoh2010 ER - TY - JOUR AU - Li, X. AU - Wu, L. AU - Geng, X. AU - Xia, X. AU - Wang, X. AU - Xu, Z. AU - Xu, Q. PY - 2018 DA - 2018// TI - Deciphering the environmental impacts on rice quality for different rice cultivated areas JO - Rice. VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/s12284-018-0198-1 DO - 10.1186/s12284-018-0198-1 ID - Li2018 ER - TY - JOUR AU - Jung, J. H. AU - Domijan, M. AU - Klose, C. AU - Biswas, S. AU - Ezer, D. AU - Gao, M. AU - Khattak, A. K. AU - Box, M. S. AU - Charoensawan, V. AU - Cortijo, S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Phytochromes function as thermosensors in Arabidopsis JO - Science VL - 354 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaf6005 DO - 10.1126/science.aaf6005 ID - Jung2016 ER - TY - JOUR AU - Ashikari, M. AU - Wu, J. AU - Yano, M. AU - Sasaki, T. AU - Yoshimura, A. PY - 1999 DA - 1999// TI - Rice gibberellin-insensitive dwarf mutant gene Dwarf 1 encodes the alpha-subunit of GTP-binding protein JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.18.10284 DO - 10.1073/pnas.96.18.10284 ID - Ashikari1999 ER - TY - JOUR AU - Xu, H. AU - Zhao, M. AU - Zhang, Q. AU - Xu, Z. AU - Xu, Q. PY - 2016 DA - 2016// TI - The DENSE AND ERECT PANICLE 1 (DEP1) gene offering the potential in the breeding of high-yielding rice JO - Breed Sci VL - 66 UR - https://doi.org/10.1270/jsbbs.16120 DO - 10.1270/jsbbs.16120 ID - Xu2016 ER - TY - JOUR AU - Wang, W. AU - Mauleon, R. AU - Hu, Z. AU - Chebotarov, D. AU - Tai, S. AU - Wu, Z. AU - Li, M. AU - Zheng, T. AU - Fuentes, R. R. AU - Zhang, F. PY - 2018 DA - 2018// TI - Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice JO - Nature VL - 557 UR - https://doi.org/10.1038/s41586-018-0063-9 DO - 10.1038/s41586-018-0063-9 ID - Wang2018 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Yang, S. AU - Gong, J. AU - Zhao, Q. AU - Feng, Q. AU - Zhan, Q. AU - Zhao, Y. AU - Li, W. AU - Cheng, B. AU - Xia, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genomic architecture of heterosis for yield traits in rice JO - Nature VL - 537 UR - https://doi.org/10.1038/nature19760 DO - 10.1038/nature19760 ID - Huang2016 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Kurata, N. AU - Wei, X. AU - Wang, Z. -. X. AU - Wang, A. AU - Zhao, Q. AU - Zhao, Y. AU - Liu, K. AU - Lu, H. AU - Li, W. PY - 2012 DA - 2012// TI - A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice JO - Nature VL - 490 UR - https://doi.org/10.1038/nature11532 DO - 10.1038/nature11532 ID - Huang2012 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Zhao, Y. AU - Wei, X. AU - Li, C. AU - Wang, A. AU - Zhao, Q. AU - Li, W. AU - Guo, Y. AU - Deng, L. AU - Zhu, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide association study of flowering time and grain yield traits in a worldwide collection of rice germplasm JO - Nat Genet VL - 44 UR - https://doi.org/10.1038/ng.1018 DO - 10.1038/ng.1018 ID - Huang2012 ER - TY - JOUR AU - Zhao, Q. AU - Feng, Q. AU - Lu, H. AU - Li, Y. AU - Wang, A. AU - Tian, Q. AU - Zhan, Q. AU - Lu, Y. AU - Zhang, L. AU - Huang, T. PY - 2018 DA - 2018// TI - Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wild rice JO - Nat Genet VL - 50 UR - https://doi.org/10.1038/s41588-018-0041-z DO - 10.1038/s41588-018-0041-z ID - Zhao2018 ER - TY - JOUR AU - Liu, D. AU - Ma, C. AU - Hong, W. AU - Huang, L. AU - Liu, M. AU - Liu, H. AU - Zeng, H. AU - Deng, D. AU - Xin, H. AU - Song, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Construction and analysis of high-density linkage map using high-throughput sequencing data JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0098855 DO - 10.1371/journal.pone.0098855 ID - Liu2014 ER - TY - JOUR AU - Koren, S. AU - Walenz, B. P. AU - Berlin, K. AU - Miller, J. R. AU - Bergman, N. H. AU - Phillippy, A. M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Canu: scalable and accurate long-read assembly via adaptive k-mer weighting and repeat separation JO - Genome Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.215087.116 DO - 10.1101/gr.215087.116 ID - Koren2017 ER - TY - JOUR AU - Price, A. L. AU - Jones, N. C. AU - Pevzner, P. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - De novo identification of repeat families in large genomes JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti1018 DO - 10.1093/bioinformatics/bti1018 ID - Price2005 ER - TY - JOUR AU - Han, Y. AU - Wessler, S. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - MITE-Hunter: a program for discovering miniature inverted-repeat transposable elements from genomic sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq862 DO - 10.1093/nar/gkq862 ID - Han2010 ER - TY - JOUR AU - Xu, Z. AU - Wang, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - LTR_FINDER: an efficient tool for the prediction of full-length LTR retrotransposons JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm286 DO - 10.1093/nar/gkm286 ID - Xu2007 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. AU - Myers, E. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - PILER: identification and classification of genomic repeats JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti1003 DO - 10.1093/bioinformatics/bti1003 ID - Edgar2005 ER - TY - JOUR AU - Wicker, T. AU - Sabot, F. AU - Hua-Van, A. AU - Bennetzen, J. L. AU - Capy, P. AU - Chalhoub, B. AU - Flavell, A. AU - Leroy, P. AU - Morgante, M. AU - Panaud, O. PY - 2009 DA - 2009// TI - A unified classification system for eukaryotic transposable elements JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2165-c4 DO - 10.1038/nrg2165-c4 ID - Wicker2009 ER - TY - JOUR AU - Jurka, J. AU - Kapitonov, V. V. AU - Pavlicek, A. AU - Klonowski, P. AU - Kohany, O. AU - Walichiewicz, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Repbase Update, a database of eukaryotic repetitive elements JO - Cytogenet Genome Res VL - 110 UR - https://doi.org/10.1159/000084979 DO - 10.1159/000084979 ID - Jurka2005 ER - TY - STD TI - Tarailograovac M, Chen N. Using RepeatMasker to identify repetitive elements in genomic sequences. Curr Protoc Bioinformatics. 2004; Chapter 4(Unit 4):Unit 4.10. ID - ref39 ER - TY - JOUR AU - Stanke, M. AU - Waack, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene prediction with a hidden Markov model and a new intron submodel JO - Bioinformatics VL - 19 ID - Stanke2003 ER - TY - JOUR AU - Majoros, W. H. AU - Pertea, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - TigrScan and GlimmerHMM: two open source ab initio eukaryotic gene-finders JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth315 DO - 10.1093/bioinformatics/bth315 ID - Majoros2004 ER - TY - JOUR AU - Blanco, E. AU - Parra, G. AU - Guigó, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Using geneid to identify genes JO - Current Protocols in Bioinformatics VL - 18 ID - Blanco2007 ER - TY - JOUR AU - Korf, I. PY - 2004 DA - 2004// TI - Gene finding in novel genomes JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-59 DO - 10.1186/1471-2105-5-59 ID - Korf2004 ER - TY - JOUR AU - Jens, K. AU - Michael, W. AU - Erickson, J. L. AU - Schattat, M. H. AU - Jan, G. AU - Frank, H. PY - 2016 DA - 2016// TI - Using intron position conservation for homology-based gene prediction JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw092 DO - 10.1093/nar/gkw092 ID - Jens2016 ER - TY - JOUR AU - Campbell, M. A. AU - Haas, B. J. AU - Hamilton, J. P. AU - Mount, S. M. AU - Buell, C. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comprehensive analysis of alternative splicing in rice and comparative analyses with Arabidopsis JO - BMC Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-7-327 DO - 10.1186/1471-2164-7-327 ID - Campbell2006 ER - TY - JOUR AU - Haas, B. J. AU - Salzberg, S. L. AU - Wei, Z. AU - Pertea, M. AU - Allen, J. E. AU - Orvis, J. AU - White, O. AU - Buell, C. R. AU - Wortman, J. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Automated eukaryotic gene structure annotation using EVidenceModeler and the Program to Assemble Spliced Alignments JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-1-r7 DO - 10.1186/gb-2008-9-1-r7 ID - Haas2008 ER - TY - JOUR AU - Griffiths-Jones, S. AU - Moxon, S. AU - Marshall, M. AU - Khanna, A. AU - Eddy, S. R. AU - Bateman, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki081 DO - 10.1093/nar/gki081 ID - Griffiths-Jones2005 ER - TY - JOUR AU - Nawrocki, E. P. AU - Eddy, S. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt509 DO - 10.1093/bioinformatics/btt509 ID - Nawrocki2013 ER - TY - JOUR AU - She, R. AU - Chu, J. S. AU - Wang, K. AU - Pei, J. AU - Chen, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - GenBlastA: enabling BLAST to identify homologous gene sequences JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.082081.108 DO - 10.1101/gr.082081.108 ID - She2009 ER - TY - JOUR AU - Birney, E. AU - Clamp, M. AU - Durbin, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - GeneWise and genomewise JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1865504 DO - 10.1101/gr.1865504 ID - Birney2004 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Ogata, H. AU - Goto, S. AU - Sato, K. AU - Fujibuchi, W. AU - Bono, H. AU - Kanehisa, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: Kyoto encyclopedia of genes and genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.1.29 DO - 10.1093/nar/27.1.29 ID - Ogata2000 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Natale, D. A. AU - Garkavtsev, I. V. AU - Tatusova, T. A. AU - Shankavaram, U. T. AU - Rao, B. S. AU - Kiryutin, B. AU - Galperin, M. Y. AU - Fedorova, N. D. AU - Koonin, E. V. PY - 2001 DA - 2001// TI - The COG database: new developments in phylogenetic classification of proteins from complete genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.1.22 DO - 10.1093/nar/29.1.22 ID - Tatusov2001 ER - TY - JOUR AU - Boeckmann, B. AU - Bairoch, A. AU - Apweiler, R. AU - Blatter, M. C. AU - Estreicher, A. AU - Gasteiger, E. AU - Martin, M. J. AU - Michoud, K. AU - O'Donovan, C. AU - Phan, I. PY - 2003 DA - 2003// TI - The Swiss-Prot knowledgebase and its supplement TREMBL in 2003 JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg095 DO - 10.1093/nar/gkg095 ID - Boeckmann2003 ER - TY - JOUR AU - Marchlerbauer, A. AU - Lu, S. AU - Anderson, J. B. AU - Chitsaz, F. AU - Derbyshire, M. K. AU - Deweesescott, C. AU - Fong, J. H. AU - Geer, L. Y. AU - Geer, R. C. AU - Gonzales, N. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - CDD: a conserved domain database for the functional annotation of proteins JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1189 DO - 10.1093/nar/gkq1189 ID - Marchlerbauer2011 ER - TY - JOUR AU - Zdobnov, E. M. AU - Apweiler, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - InterProScan—an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.9.847 DO - 10.1093/bioinformatics/17.9.847 ID - Zdobnov2001 ER - TY - JOUR AU - Li, W. AU - Zhu, Z. AU - Chern, M. AU - Yin, J. AU - Yang, C. AU - Ran, L. AU - Cheng, M. AU - He, M. AU - Wang, K. AU - Wang, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - A natural allele of a transcription factor in rice confers broad-spectrum blast resistance JO - Cell VL - 170 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.06.008 DO - 10.1016/j.cell.2017.06.008 ID - Li2017 ER - TY - JOUR AU - Hsu, P. D. AU - Scott, D. A. AU - Weinstein, J. A. AU - Ran, F. A. AU - Konermann, S. AU - Agarwala, V. AU - Li, Y. AU - Fine, E. J. AU - Wu, X. AU - Shalem, O. PY - 2013 DA - 2013// TI - DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9 nucleases JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2647 DO - 10.1038/nbt.2647 ID - Hsu2013 ER - TY - JOUR AU - Nishimura, A. AU - Aichi, I. AU - Matsuoka, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - A protocol for agrobacterium-mediated transformation in rice JO - Nat Protoc VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2006.469 DO - 10.1038/nprot.2006.469 ID - Nishimura2006 ER - TY - JOUR AU - Ma, X. AU - Zhang, Q. AU - Zhu, Q. AU - Liu, W. AU - Chen, Y. AU - Qiu, R. AU - Wang, B. AU - Yang, Z. AU - Li, H. AU - Lin, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - A robust CRISPR/Cas9 system for convenient, high-efficiency multiplex genome editing in monocot and dicot plants JO - Mol Plant VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.molp.2015.04.007 DO - 10.1016/j.molp.2015.04.007 ID - Ma2015 ER -