TY - JOUR AU - Bauman, J. G. J. AU - Wiegant, J. AU - Borst, P. AU - Duijn, P. PY - 1980 DA - 1980// TI - A new method for fluorescence microscopical localization of specific DNA sequences by in situ hybridization of fluorochrome-labelled RNA JO - Exp Cell Res VL - 128 UR - https://doi.org/10.1016/0014-4827(80)90087-7 DO - 10.1016/0014-4827(80)90087-7 ID - Bauman1980 ER - TY - JOUR AU - Hahn, M. W. AU - Zhang, S. V. AU - Moyle, L. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Sequencing, assembling, and correcting draft genomes using recombinant populations JO - G3 VL - 4 UR - https://doi.org/10.1534/g3.114.010264 DO - 10.1534/g3.114.010264 ID - Hahn2014 ER - TY - JOUR AU - Fierst, J. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Using linkage maps to correct and scaffold de novo genome assemblies: methods, challenges, and computational tools JO - Frontiers Genet VL - 6 UR - https://doi.org/10.3389/fgene.2015.00220 DO - 10.3389/fgene.2015.00220 ID - Fierst2015 ER - TY - JOUR AU - Levy-Sakin, M. AU - Ebenstein, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Beyond sequencing: optical mapping of DNA in the age of nanotechnology and nanoscopy JO - Curr Opin Biotechnol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.copbio.2013.01.009 DO - 10.1016/j.copbio.2013.01.009 ID - Levy-Sakin2013 ER - TY - JOUR AU - Kaplan, N. AU - Dekker, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - High-throughput genome scaffolding from in vivo DNA interaction frequency JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2768 DO - 10.1038/nbt.2768 ID - Kaplan2013 ER - TY - JOUR AU - Burton, J. N. AU - Adey, A. AU - Patwardhan, R. P. AU - Qiu, R. AU - Kitzman, J. O. AU - Shendure, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Chromosome-scale scaffolding of de novo genome assemblies based on chromatin interactions JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2727 DO - 10.1038/nbt.2727 ID - Burton2013 ER - TY - JOUR AU - Jiao, W. B. AU - Accinelli, G. G. AU - Hartwig, B. AU - Kiefer, C. AU - Baker, D. AU - Severing, E. PY - 2017 DA - 2017// TI - Improving and correcting the contiguity of long-read genome assemblies of three plant species using optical mapping and chromosome conformation capture data JO - Genome Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.213652.116 DO - 10.1101/gr.213652.116 ID - Jiao2017 ER - TY - JOUR AU - Peichel, C. L. AU - Sullivan, S. T. AU - Liachko, I. AU - White, M. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Improvement of the threespine stickleback genome using a Hi-C-based proximity-guided assembly JO - J Hered. VL - 108 UR - https://doi.org/10.1093/jhered/esx058 DO - 10.1093/jhered/esx058 ID - Peichel2017 ER - TY - JOUR AU - Dudchenko, O. AU - Batra, S. S. AU - Omer, A. D. AU - Nyquist, S. K. AU - Hoeger, M. AU - Durand, N. C. PY - 2017 DA - 2017// TI - De novo assembly of the Aedes aegypti genome using Hi-C yields chromosome-length scaffolds JO - Science (80- ) VL - 356 UR - https://doi.org/10.1126/science.aal3327 DO - 10.1126/science.aal3327 ID - Dudchenko2017 ER - TY - JOUR AU - Matthews, B. e. n. j. a. m. i. n. J. AU - Dudchenko, O. l. g. a. AU - Kingan, S. a. r. a. h. B. AU - Koren, S. e. r. g. e. y. AU - Antoshechkin, I. g. o. r. AU - Crawford, J. a. c. o. b. E. AU - Glassford, W. i. l. l. i. a. m. J. AU - Herre, M. a. r. g. a. r. e. t. AU - Redmond, S. e. t. h. N. AU - Rose, N. o. a. h. H. AU - Weedall, G. a. r. e. t. h. D. AU - Wu, Y. a. n. g. AU - Batra, S. a. n. j. i. t. S. AU - Brito-Sierra, C. a. r. l. o. s. A. AU - Buckingham, S. t. e. v. e. n. D. AU - Campbell, C. o. r. e. y. L. AU - Chan, S. a. k. i. AU - Cox, E. r. i. c. AU - Evans, B. e. n. j. a. m. i. n. R. AU - Fansiri, T. h. a. n. y. a. l. a. k. AU - Filipović, I. g. o. r. AU - Fontaine, A. l. b. i. n. AU - Gloria-Soria, A. n. d. r. e. a. AU - Hall, R. i. c. h. a. r. d. AU - Joardar, V. i. n. i. t. a. S. AU - Jones, A. n. d. r. e. w. K. AU - Kay, R. a. i. s. s. a. G. G. AU - Kodali, V. a. m. s. i. K. AU - Lee, J. o. y. c. e. AU - Lycett, G. a. r. e. t. h. J. AU - Mitchell, S. a. r. a. N. AU - Muehling, J. i. l. l. AU - Murphy, M. i. c. h. a. e. l. R. AU - Omer, A. r. i. n. a. D. AU - Partridge, F. r. e. d. e. r. i. c. k. A. AU - Peluso, P. a. u. l. AU - Aiden, A. v. i. v. a. P. r. e. s. s. e. r. AU - Ramasamy, V. i. d. y. a. AU - Rašić, G. o. r. d. a. n. a. AU - Roy, S. o. u. r. a. v. AU - Saavedra-Rodriguez, K. a. r. l. a. AU - Sharan, S. h. r. u. t. i. AU - Sharma, A. t. a. s. h. i. AU - Smith, M. e. l. i. s. s. a. L. a. i. r. d. AU - Turner, J. o. e. AU - Weakley, A. l. l. i. s. o. n. M. AU - Zhao, Z. h. i. l. e. i. AU - Akbari, O. m. a. r. S. AU - Black, W. i. l. l. i. a. m. C. AU - Cao, H. a. n. AU - Darby, A. l. i. s. t. a. i. r. C. AU - Hill, C. a. t. h. e. r. i. n. e. A. AU - Johnston, J. S. p. e. n. c. e. r. AU - Murphy, T. e. r. e. n. c. e. D. AU - Raikhel, A. l. e. x. a. n. d. e. r. S. AU - Sattelle, D. a. v. i. d. B. AU - Sharakhov, I. g. o. r. V. AU - White, B. r. a. d. l. e. y. J. AU - Zhao, L. i. AU - Aiden, E. r. e. z. L. i. e. b. e. r. m. a. n. AU - Mann, R. i. c. h. a. r. d. S. AU - Lambrechts, L. o. u. i. s. AU - Powell, J. e. f. f. r. e. y. R. AU - Sharakhova, M. a. r. i. a. V. AU - Tu, Z. h. i. j. i. a. n. AU - Robertson, H. u. g. h. M. AU - McBride, C. a. r. o. l. y. n. S. AU - Hastie, A. l. e. x. R. AU - Korlach, J. o. n. a. s. AU - Neafsey, D. a. n. i. e. l. E. AU - Phillippy, A. d. a. m. M. AU - Vosshall, L. e. s. l. i. e. B. PY - 2018 DA - 2018// TI - Improved reference genome of Aedes aegypti informs arbovirus vector control JO - Nature VL - 563 UR - https://doi.org/10.1038/s41586-018-0692-z DO - 10.1038/s41586-018-0692-z ID - Matthews2018 ER - TY - JOUR AU - RJC, M. AU - Covington, M. F. AU - Brock, M. T. AU - Devisetty, U. K. AU - Kliebenstein, D. J. AU - Weinig, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Using RNA-Seq for genomic scaffold placement, correcting assemblies, and genetic map creation in a common Brassica rapa mapping population JO - G3 VL - 7 UR - https://doi.org/10.1534/g3.117.043000 DO - 10.1534/g3.117.043000 ID - RJC2017 ER - TY - JOUR AU - Mascher, M. AU - Gundlach, H. AU - Himmelbach, A. AU - Beier, S. AU - Twardziok, S. O. AU - Wicker, T. PY - 2017 DA - 2017// TI - A chromosome conformation capture ordered sequence of the barley genome JO - Nature. VL - 544 UR - https://doi.org/10.1038/nature22043 DO - 10.1038/nature22043 ID - Mascher2017 ER - TY - JOUR AU - Damas, J. AU - O’Connor, R. AU - Farré, M. AU - Lenis, V. P. E. AU - Martell, H. J. AU - Mandawala, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Upgrading short-read animal genome assemblies to chromosome level using comparative genomics and a universal probe set JO - Genome Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.213660.116 DO - 10.1101/gr.213660.116 ID - Damas2017 ER - TY - JOUR AU - Davey, J. o. h. n. W. AU - Chouteau, M. a. t. h. i. e. u. AU - Barker, S. a. r. a. h. L. AU - Maroja, L. u. a. n. a. AU - Baxter, S. i. m. o. n. W. AU - Simpson, F. r. a. s. e. r. AU - Merrill, R. i. c. h. a. r. d. M. AU - Joron, M. a. t. h. i. e. u. AU - Mallet, J. a. m. e. s. AU - Dasmahapatra, K. a. n. c. h. o. n. K. AU - Jiggins, C. h. r. i. s. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Major Improvements to theHeliconius melpomeneGenome Assembly Used to Confirm 10 Chromosome Fusion Events in 6 Million Years of Butterfly Evolution JO - G3: Genes|Genomes|Genetics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1534/g3.115.023655 DO - 10.1534/g3.115.023655 ID - Davey2016 ER - TY - JOUR AU - Ahola, V. AU - Lehtonen, R. AU - Somervuo, P. AU - Salmela, L. AU - Koskinen, P. AU - Rastas, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera JO - Nat Commun VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms5737 DO - 10.1038/ncomms5737 ID - Ahola2014 ER - TY - JOUR AU - Sim, S. B. AU - Geib, S. M. PY - 2017 DA - 2017// TI - A chromosome-scale assembly of the Bactrocera cucurbitae genome provides insight to the genetic basis of white pupae JO - G3 VL - 7 UR - https://doi.org/10.1534/g3.117.040170 DO - 10.1534/g3.117.040170 ID - Sim2017 ER - TY - JOUR AU - Holt, R. A. AU - Mani Subramanian, G. AU - Halpern, A. AU - Sutton, G. G. AU - Charlab, R. AU - Nusskern, D. R. PY - 2002 DA - 2002// TI - The genome sequence of the malaria mosquito Anopheles gambiae JO - Science (80- ) VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1076181 DO - 10.1126/science.1076181 ID - Holt2002 ER - TY - JOUR AU - Sharakhova, M. a. r. i. a. V. AU - Hammond, M. a. r. t. i. n. P. AU - Lobo, N. e. i. l. F. AU - Krzywinski, J. a. r. o. s. l. a. w. AU - Unger, M. a. r. i. a. F. AU - Hillenmeyer, M. a. u. r. e. e. n. E. AU - Bruggner, R. o. b. e. r. t. V. AU - Birney, E. w. a. n. AU - Collins, F. r. a. n. k. H. PY - 2007 DA - 2007// JO - Genome Biology VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-1-r5 DO - 10.1186/gb-2007-8-1-r5 ID - Sharakhova2007 ER - TY - JOUR AU - Lawniczak, M. K. AU - Emrich, S. J. AU - Holloway, A. K. AU - Regier, A. P. AU - Olson, M. AU - White, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Widespread divergence between incipient Anopheles gambiae species revealed by whole genome sequences JO - Science (80- ) VL - 330 UR - https://doi.org/10.1126/science.1195755 DO - 10.1126/science.1195755 ID - Lawniczak2010 ER - TY - JOUR AU - Marinotti, O. s. v. a. l. d. o. AU - Cerqueira, G. u. s. t. a. v. o. C. AU - de Almeida, L. u. i. z. G. o. n. z. a. g. a. P. a. u. l. a. AU - Ferro, M. a. r. i. a. I. n. ê. s. T. i. r. a. b. o. s. c. h. i. AU - Loreto, E. l. g. i. o. n. L. u. c. i. o. d. a. S. i. l. v. a. AU - Zaha, A. r. n. a. l. d. o. AU - Teixeira, S. a. n. t. u. z. a. M. R. AU - Wespiser, A. d. a. m. R. AU - Almeida e Silva, A. l. e. x. a. n. d. r. e. AU - Schlindwein, A. l. i. n. e. D. a. i. a. n. e. AU - Pacheco, A. n. a. C. a. r. o. l. i. n. a. L. a. n. d. i. m. AU - Silva, A. r. t. u. r. L. u. i. z. d. a. C. o. s. t. a. d. a. AU - Graveley, B. r. e. n. t. o. n. R. AU - Walenz, B. r. i. a. n. P. AU - Lima, B. r. u. n. a. d. e. A. r. a. u. j. o. AU - Ribeiro, C. a. r. l. o. s. A. l. e. x. a. n. d. r. e. G. o. m. e. s. AU - Nunes-Silva, C. a. r. l. o. s. G. u. s. t. a. v. o. AU - de Carvalho, C. a. r. l. o. s. R. o. b. e. r. t. o. AU - Soares, C. é. l. i. a. M. a. r. i. a. d. e. A. l. m. e. i. d. a. AU - de Menezes, C. l. a. u. d. i. a. B. e. a. t. r. i. z. A. f. o. n. s. o. AU - Matiolli, C. l. e. v. e. r. s. o. n. AU - Caffrey, D. a. n. i. e. l. AU - Araújo, D. e. m. e. t. r. i. u. s. A. n. t. o. n. i. o. M. AU - de Oliveira, D. i. a. n. a. M. a. g. a. l. h. ã. e. s. AU - Golenbock, D. o. u. g. l. a. s. AU - Grisard, E. d. m. u. n. d. o. C. a. r. l. o. s. AU - Fantinatti-Garboggini, F. a. b. i. a. n. a. AU - de Carvalho, F. a. b. í. o. l. a. M. a. r. q. u. e. s. AU - Barcellos, F. e. r. n. a. n. d. o. G. o. m. e. s. AU - Prosdocimi, F. r. a. n. c. i. s. c. o. AU - May, G. e. m. m. a. AU - Azevedo Junior, G. i. l. s. o. n. M. a. r. t. i. n. s. d. e. AU - Guimarães, G. i. s. e. l. l. e. M. o. u. r. a. AU - Goldman, G. u. s. t. a. v. o. H. e. n. r. i. q. u. e. AU - Padilha, I. t. á. c. i. o. Q. M. AU - Batista, J. a. c. q. u. e. l. i. n. e. d. a. S. i. l. v. a. AU - Ferro, J. e. s. u. s. A. p. a. r. e. c. i. d. o. AU - Ribeiro, J. o. s. é. M. C. AU - Fietto, J. u. l. i. a. n. a. L. o. p. e. s. R. a. n. g. e. l. AU - Dabbas, K. a. r. i. n. a. M. a. i. a. AU - Cerdeira, L. o. u. i. s. e. AU - Agnez-Lima, L. u. c. y. m. a. r. a. F. a. s. s. a. r. e. l. l. a. AU - Brocchi, M. a. r. c. e. l. o. AU - de Carvalho, M. a. r. c. o. s. O. l. i. v. e. i. r. a. AU - Teixeira, M. a. r. c. u. s. d. e. M. e. l. o. AU - Diniz Maia, M. a. r. i. a. d. e. M. a. s. c. e. n. a. AU - Goldman, M. a. r. i. a. H. e. l. e. n. a. S. AU - Cruz Schneider, M. a. r. i. a. P. a. u. l. a. AU - Felipe, M. a. r. i. a. S. u. e. l. i. S. o. a. r. e. s. AU - Hungria, M. a. r. i. a. n. g. e. l. a. AU - Nicolás, M. a. r. i. s. a. F. a. b. i. a. n. a. AU - Pereira, M. a. r. i. s. t. e. l. a. AU - Montes, M. a. r. t. í. n. A. l. e. j. a. n. d. r. o. AU - Cantão, M. a. u. r. í. c. i. o. E. AU - Vincentz, M. i. c. h. e. l. AU - Rafael, M. i. r. i. a. m. S. i. l. v. a. AU - Silverman, N. e. a. l. AU - Stoco, P. a. t. r. í. c. i. a. H. e. r. m. e. s. AU - Souza, R. a. n. g. e. l. C. e. l. s. o. AU - Vicentini, R. e. n. a. t. o. AU - Gazzinelli, R. i. c. a. r. d. o. T. o. s. t. e. s. AU - Neves, R. o. g. é. r. i. o. d. e. O. l. i. v. e. i. r. a. AU - Silva, R. o. s. a. n. e. AU - Astolfi-Filho, S. p. a. r. t. a. c. o. AU - Maciel, T. a. l. l. e. s. E. d. u. a. r. d. o. F. e. r. r. e. i. r. a. AU - Ürményi, T. u. r. á. n. P. AU - Tadei, W. a. n. d. e. r. l. i. P. e. d. r. o. AU - Camargo, E. r. n. e. y. P. l. e. s. s. m. a. n. n. AU - de Vasconcelos, A. n. a. T. e. r. e. z. a. R. i. b. e. i. r. o. PY - 2013 DA - 2013// TI - The Genome of Anopheles darlingi , the main neotropical malaria vector JO - Nucleic Acids Research VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt484 DO - 10.1093/nar/gkt484 ID - Marinotti2013 ER - TY - STD TI - Jiang X, Peery A, Hall AB, Sharma A, Chen X-G, Waterhouse RM, et al. Genome analysis of a major urban malaria vector mosquito, Anopheles stephensi. Genome Biol. 2014;15:459. ID - ref21 ER - TY - JOUR AU - Zhou, D. a. n. AU - Zhang, D. o. n. g. h. u. i. AU - Ding, G. u. o. h. u. i. AU - Shi, L. i. n. n. a. AU - Hou, Q. i. n. g. AU - Ye, Y. u. t. i. n. g. AU - Xu, Y. a. n. g. AU - Zhou, H. u. a. y. u. n. AU - Xiong, C. h. u. n. r. o. n. g. AU - Li, S. h. e. n. g. d. i. AU - Yu, J. i. n. g. AU - Hong, S. h. a. n. c. h. a. o. AU - Yu, X. i. n. y. o. u. AU - Zou, P. i. n. g. AU - Chen, C. h. e. n. AU - Chang, X. u. e. l. i. a. n. AU - Wang, W. e. i. j. i. e. AU - Lv, Y. u. a. n. AU - Sun, Y. a. n. AU - Ma, L. e. i. AU - Shen, B. o. AU - Zhu, C. h. a. n. g. l. i. a. n. g. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome sequence of Anopheles sinensis provides insight into genetics basis of mosquito competence for malaria parasites JO - BMC Genomics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-42 DO - 10.1186/1471-2164-15-42 ID - Zhou2014 ER - TY - STD TI - Wei Y, Cheng B, Zhu G, Shen D, Liang J, Wang C, et al. Comparative physical genome mapping of malaria vectors Anopheles sinensis and Anopheles gambiae. Malar J. 2017;16:235. ID - ref23 ER - TY - STD TI - Neafsey DE, Christophides GK, Collins FH, Emrich SJ, Fontaine MC, Gelbart W, et al. The evolution of the Anopheles 16 genomes project. G3. 2013;3:1191–4. ID - ref24 ER - TY - STD TI - Neafsey DE, Waterhouse RM, Abai MR, Aganezov SS, Alekseyev MA, Allen JE, et al. Highly evolvable malaria vectors: the genomes of 16 Anopheles mosquitoes. Science (80- ). 2015;347:1258522. ID - ref25 ER - TY - STD TI - Artemov GN, Bondarenko SM, Naumenko AN, Stegniy VN, Sharakhova MV, Sharakhov IV. Partial-arm translocations in evolution of malaria mosquitoes revealed by high-coverage physical mapping of the Anopheles atroparvus genome. BMC Genomics. 2018;19:278. ID - ref26 ER - TY - STD TI - Artemov GN, Peery AN, Jiang X, Tu Z, Stegniy VN, Sharakhova MV, et al. The physical genome mapping of Anopheles albimanus corrected scaffold misassemblies and identified interarm rearrangements in genus Anopheles. G3. 2017;7:155–64. ID - ref27 ER - TY - JOUR AU - Ruzzante, L. AU - Reijnders, M. J. M. F. AU - Waterhouse, R. M. PY - 2019 DA - 2019// TI - Of genes and genomes: mosquito evolution and diversity JO - Trends Parasitol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1016/j.pt.2018.10.003 DO - 10.1016/j.pt.2018.10.003 ID - Ruzzante2019 ER - TY - JOUR AU - Anselmetti, Y. AU - Berry, V. AU - Chauve, C. AU - Chateau, A. AU - Tannier, E. AU - Bérard, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding JO - BMC Genomics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-16-S10-S11 DO - 10.1186/1471-2164-16-S10-S11 ID - Anselmetti2015 ER - TY - JOUR AU - Simão, F. A. AU - Waterhouse, R. M. AU - Ioannidis, P. AU - Kriventseva, E. V. AU - Zdobnov, E. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs JO - Bioinformatics. VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv351 DO - 10.1093/bioinformatics/btv351 ID - Simão2015 ER - TY - JOUR AU - Alekseyev, M. A. AU - Pevzner, P. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Breakpoint graphs and ancestral genome reconstructions JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.082784.108 DO - 10.1101/gr.082784.108 ID - Alekseyev2009 ER - TY - JOUR AU - Aganezov, S. AU - Sitdykova, N. AU - Alekseyev, M. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Scaffold assembly based on genome rearrangement analysis JO - Comput Biol Chem VL - 57 UR - https://doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2015.02.005 DO - 10.1016/j.compbiolchem.2015.02.005 ID - Aganezov2015 ER - TY - JOUR AU - Micallef, L. AU - Rodgers, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - eulerAPE: drawing area-proportional 3-venn diagrams using ellipses JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0101717 DO - 10.1371/journal.pone.0101717 ID - Micallef2014 ER - TY - STD TI - Sharakhova MV, George P, Timoshevskiy V, Sharma A, Peery A, Sharakhov IV. Mosquitoes (Diptera). In Protocols for cytogenetic mapping of arthropod genomes. Edited by Igor V. Sharakhov. Boca Raton, FL: CRC Press, Taylor & Francis Group; 2015. pp. 93–170 ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Ye, J. AU - Coulouris, G. AU - Zaretskaya, I. AU - Cutcutache, I. AU - Rozen, S. AU - Madden, T. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Primer-BLAST: a tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction JO - BMC Bioinformatics. VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-134 DO - 10.1186/1471-2105-13-134 ID - Ye2012 ER - TY - JOUR AU - Darzentas, N. PY - 2010 DA - 2010// TI - Circoletto: visualizing sequence similarity with Circos JO - Bioinformatics. VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq484 DO - 10.1093/bioinformatics/btq484 ID - Darzentas2010 ER - TY - JOUR AU - Mortazavi, A. AU - Schwarz, E. M. AU - Williams, B. AU - Schaeffer, L. AU - Antoshechkin, I. AU - Wold, B. J. AU - Sternberg, P. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Scaffolding a Caenorhabditis nematode genome with RNA-seq JO - Genome Research VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.111021.110 DO - 10.1101/gr.111021.110 ID - Mortazavi2010 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2015 DA - 2015// TI - HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3317 DO - 10.1038/nmeth.3317 ID - Kim2015 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - The sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinformatics. VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - STD TI - Smit A, Hubley R, Green P. RepeatMasker Open-4.0. 2015;:. UR - http://www.repeatmasker.org ID - ref40 ER - TY - CHAP AU - Waterhouse, R. M. AU - Seppey, M. AU - Simão, F. A. AU - Zdobnov, E. M. PY - 2019 DA - 2019// TI - Using BUSCO to assess insect genomic resources BT - Methods in molecular biology PB - Humana Press CY - New York ID - Waterhouse2019 ER - TY - JOUR AU - Krzywinski, M. AU - Schein, J. AU - Birol, I. AU - Connors, J. AU - Gascoyne, R. AU - Horsman, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Circos: an information aesthetic for comparative genomics JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.092759.109 DO - 10.1101/gr.092759.109 ID - Krzywinski2009 ER - TY - JOUR AU - Camacho, C. AU - Coulouris, G. AU - Avagyan, V. AU - Ma, N. AU - Papadopoulos, J. AU - Bealer, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - BLAST+: architecture and applications JO - BMC Bioinformatics. VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421 DO - 10.1186/1471-2105-10-421 ID - Camacho2009 ER - TY - JOUR AU - Duchemin, W. AU - Anselmetti, Y. AU - Patterson, M. AU - Ponty, Y. AU - Bérard, S. AU - Chauve, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - DeCoSTAR: reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies JO - Genome Biol Evol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evx069 DO - 10.1093/gbe/evx069 ID - Duchemin2017 ER - TY - JOUR AU - Bérard, S. AU - Gallien, C. AU - Boussau, B. AU - Szöllosi, G. J. AU - Daubin, V. AU - Tannier, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies JO - Bioinformatics. VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts374 DO - 10.1093/bioinformatics/bts374 ID - Bérard2012 ER - TY - JOUR AU - Sahlin, K. AU - Vezzi, F. AU - Nystedt, B. AU - Lundeberg, J. AU - Arvestad, L. PY - 2014 DA - 2014// TI - BESST - efficient scaffolding of large fragmented assemblies JO - BMC Bioinformatics. VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-281 DO - 10.1186/1471-2105-15-281 ID - Sahlin2014 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh340 DO - 10.1093/nar/gkh340 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - Stamatakis, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies JO - Bioinformatics. VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033 DO - 10.1093/bioinformatics/btu033 ID - Stamatakis2014 ER - TY - JOUR AU - Köster, J. AU - Rahmann, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Snakemake--a scalable bioinformatics workflow engine JO - Bioinformatics. VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts480 DO - 10.1093/bioinformatics/bts480 ID - Köster2012 ER - TY - JOUR AU - Avdeyev, P. AU - Jiang, S. AU - Aganezov, S. AU - Hu, F. AU - Alekseyev, M. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Reconstruction of ancestral genomes in presence of gene gain and loss JO - J Comput Biol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2015.0160 DO - 10.1089/cmb.2015.0160 ID - Avdeyev2016 ER - TY - JOUR AU - Fontaine, M. C. AU - Pease, J. B. AU - Steele, A. AU - Waterhouse, R. M. AU - Neafsey, D. E. AU - Sharakhov, I. V. PY - 2015 DA - 2015// TI - Extensive introgression in a malaria vector species complex revealed by phylogenomics JO - Science (80- ) VL - 347 UR - https://doi.org/10.1126/science.1258524 DO - 10.1126/science.1258524 ID - Fontaine2015 ER - TY - JOUR AU - Coluzzi, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - A Polytene Chromosome Analysis of the Anopheles gambiae Species Complex JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1077769 DO - 10.1126/science.1077769 ID - Coluzzi2002 ER - TY - STD TI - VectorBase. VectorBase: bioinformatics resource for invertebrate vectors of human pathogens. https://www.vectorbase.org/. UR - https://www.vectorbase.org/ ID - ref53 ER - TY - JOUR AU - Giraldo-Calderón, G. I. AU - Emrich, S. J. AU - MacCallum, R. M. AU - Maslen, G. AU - Dialynas, E. AU - Topalis, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - VectorBase: an updated bioinformatics resource for invertebrate vectors and other organisms related with human diseases JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1117 DO - 10.1093/nar/gku1117 ID - Giraldo-Calderón2015 ER - TY - STD TI - Anselmetti Y, Duchemin W, Tannier E, Chauve C, Bérard S. Phylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes. BMC Genomics. 2018;19:96. ID - ref55 ER - TY - CHAP AU - Aganezov, S. S. AU - Alekseyev, M. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Multi-genome scaffold co-assembly based on the analysis of gene orders and genomic repeats BT - Lecture notes in computer science (including subseries lecture notes in artificial intelligence and lecture notes in bioinformatics) PB - Springer CY - Cham ID - Aganezov2016 ER - TY - JOUR AU - Aganezov, S. S. AU - Alekseyev, M. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - CAMSA: a tool for comparative analysis and merging of scaffold assemblies JO - BMC Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s12859-017-1919-y DO - 10.1186/s12859-017-1919-y ID - Aganezov2017 ER - TY - JOUR AU - ARTEMOV, G. N. AU - SHARAKHOVA, M. V. AU - NAUMENKO, A. N. AU - KARAGODIN, D. A. AU - BARICHEVA, E. M. AU - STEGNIY, V. N. AU - SHARAKHOV, I. V. PY - 2015 DA - 2015// TI - A standard photomap of ovarian nurse cell chromosomes in the European malaria vectorAnopheles atroparvus JO - Medical and Veterinary Entomology VL - 29 UR - https://doi.org/10.1111/mve.12113 DO - 10.1111/mve.12113 ID - ARTEMOV2015 ER - TY - JOUR AU - Sharakhov, I. V. AU - Serazin, A. C. AU - Grushko, O. G. AU - Dana, A. AU - Lobo, N. AU - Hillenmeyer, M. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Inversions and gene order shuffling in Anopheles gambiae and A. funestus JO - Science (80- ) VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1076803 DO - 10.1126/science.1076803 ID - Sharakhov2002 ER - TY - JOUR AU - Sharakhov, I. PY - 2004 DA - 2004// TI - A Microsatellite Map of the African Human Malaria Vector Anopheles funestus JO - Journal of Heredity VL - 95 UR - https://doi.org/10.1093/jhered/esh011 DO - 10.1093/jhered/esh011 ID - Sharakhov2004 ER - TY - JOUR AU - Xia, A. AU - Sharakhova, M. V. AU - Leman, S. C. AU - Tu, Z. AU - Bailey, J. A. AU - Smith, C. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome landscape and evolutionary plasticity of chromosomes in malaria mosquitoes JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010592 DO - 10.1371/journal.pone.0010592 ID - Xia2010 ER - TY - JOUR AU - Zhang, S. V. AU - Zhuo, L. AU - Hahn, M. W. PY - 2016 DA - 2016// TI - AGOUTI: improving genome assembly and annotation using transcriptome data JO - Gigascience. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/s13742-016-0136-3 DO - 10.1186/s13742-016-0136-3 ID - Zhang2016 ER - TY - STD TI - Ghurye J, Koren S, Small ST, Redmond S, Howell P, Phillippy AM, et al. A chromosome-scale assembly of the major African malaria vector Anopheles funestus. Gigascience. 2019;8. ID - ref63 ER - TY - JOUR AU - Mikheenko, A. AU - Prjibelski, A. AU - Saveliev, V. AU - Antipov, D. AU - Gurevich, A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Versatile genome assembly evaluation with QUAST-LG JO - Bioinformatics. VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty266 DO - 10.1093/bioinformatics/bty266 ID - Mikheenko2018 ER - TY - JOUR AU - Cabanettes, F. AU - Klopp, C. PY - 2018 DA - 2018// TI - D-GENIES: dot plot large genomes in an interactive, efficient and simple way JO - PeerJ. VL - 6 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.4958 DO - 10.7717/peerj.4958 ID - Cabanettes2018 ER - TY - JOUR AU - Sharakhova, M. a. r. i. a. V. AU - Xia, A. i. AU - Mcalister, S. a. r. a. h. I. AU - Sharakhov, I. g. o. r. V. PY - 2006 DA - 2006// TI - A Standard Cytogenetic Photomap for the MosquitoAnopheles stephensi(Diptera: Culicidae): Application for Physical Mapping JO - Journal of Medical Entomology VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/jmedent/43.5.861 DO - 10.1093/jmedent/43.5.861 ID - Sharakhova2006 ER - TY - JOUR AU - Elsik, C. G. AU - Worley, K. C. AU - Bennett, A. K. AU - Beye, M. AU - Camara, F. AU - Childers, C. P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Finding the missing honey bee genes: lessons learned from a genome upgrade JO - BMC Genomics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-86 DO - 10.1186/1471-2164-15-86 ID - Elsik2014 ER - TY - JOUR AU - Liu, D. AU - Hunt, M. AU - Tsai, I. J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Inferring synteny between genome assemblies: a systematic evaluation JO - BMC Bioinformatics. VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s12859-018-2026-4 DO - 10.1186/s12859-018-2026-4 ID - Liu2018 ER - TY - JOUR AU - Shah, N. AU - Dorer, D. R. AU - Moriyama, E. N. AU - Christensen, A. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Evolution of a large, conserved, and syntenic gene family in insects JO - G3 VL - 2 UR - https://doi.org/10.1534/g3.111.001412 DO - 10.1534/g3.111.001412 ID - Shah2012 ER - TY - JOUR AU - Li, J. i. a. AU - Waterhouse, R. o. b. e. r. t. M. AU - Zdobnov, E. v. g. e. n. y. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - A remarkably stable TipE gene cluster: evolution of insect Para sodium channel auxiliary subunits JO - BMC Evolutionary Biology VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-11-337 DO - 10.1186/1471-2148-11-337 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Duboule, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - The rise and fall of Hox gene clusters JO - Development VL - 134 UR - https://doi.org/10.1242/dev.001065 DO - 10.1242/dev.001065 ID - Duboule2007 ER - TY - STD TI - Kanost MR, Arrese EL, Cao X, Chen Y-RR, Chellapilla S, Goldsmith MR, et al. Multifaceted biological insights from a draft genome sequence of the tobacco hornworm moth, Manduca sexta. Insect Biochem Mol Biol. 2016;76:118–47. ID - ref72 ER - TY - JOUR AU - Ghurye, J. AU - Rhie, A. AU - Walenz, B. P. AU - Schmitt, A. AU - Selvaraj, S. AU - Pop, M. PY - 2019 DA - 2019// TI - Integrating Hi-C links with assembly graphs for chromosome-scale assembly JO - PLoS Comput Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007273 DO - 10.1371/journal.pcbi.1007273 ID - Ghurye2019 ER - TY - BOOK AU - Saha, S. PY - 2019 DA - 2019// TI - Long range sequencing and validation of insect genome assemblies PB - Methods in Molecular Biology CY - In UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8775-7_4 DO - 10.1007/978-1-4939-8775-7_4 ID - Saha2019 ER - TY - STD TI - Miller DE, Staber C, Zeitlinger J, Hawley RS. High-quality genome assemblies of 15 Drosophila species generated using Nanopore sequencing. G3. 2018;g3.118.200160. ID - ref75 ER - TY - JOUR AU - Putnam, N. H. AU - O’Connell, B. L. AU - Stites, J. C. AU - Rice, B. J. AU - Blanchette, M. AU - Calef, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Chromosome-scale shotgun assembly using an in vitro method for long-range linkage JO - Genome Res VL - 26 UR - https://doi.org/10.1101/gr.193474.115 DO - 10.1101/gr.193474.115 ID - Putnam2016 ER - TY - JOUR AU - Kingan, S. B. AU - Heaton, H. AU - Cudini, J. AU - Lambert, C. C. AU - Baybayan, P. AU - Galvin, B. D. PY - 2019 DA - 2019// TI - A high-quality de novo genome assembly from a single mosquito using PacBio sequencing JO - Genes (Basel) VL - 10 UR - https://doi.org/10.3390/genes10010062 DO - 10.3390/genes10010062 ID - Kingan2019 ER - TY - JOUR AU - Gnerre, S. AU - Lander, E. S. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Jaffe, D. B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Assisted assembly: how to improve a de novo genome assembly by using related species JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-8-r88 DO - 10.1186/gb-2009-10-8-r88 ID - Gnerre2009 ER - TY - JOUR AU - Kim, J. AU - Larkin, D. M. AU - Cai, Q. AU - Asan, Z. Y. AU - Ge, R. -. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Reference-assisted chromosome assembly JO - Proc Natl Acad Sci VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1220349110 DO - 10.1073/pnas.1220349110 ID - Kim2013 ER - TY - JOUR AU - Tamazian, G. AU - Dobrynin, P. AU - Krasheninnikova, K. AU - Komissarov, A. AU - Koepfli, K. P. AU - O’Brien, S. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Chromosomer: a reference-based genome arrangement tool for producing draft chromosome sequences JO - Gigascience. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/s13742-016-0141-6 DO - 10.1186/s13742-016-0141-6 ID - Tamazian2016 ER - TY - JOUR AU - Liu, W. a. n. f. e. i. AU - Wu, S. h. u. a. n. g. y. a. n. g. AU - Lin, Q. i. a. n. g. AU - Gao, S. h. e. n. g. h. a. n. AU - Ding, F. e. n. g. AU - Zhang, X. i. a. o. w. e. i. AU - Aljohi, H. a. s. a. n. A. w. a. d. AU - Yu, J. u. n. AU - Hu, S. o. n. g. n. i. a. n. PY - 2018 DA - 2018// TI - RGAAT: A Reference-based Genome Assembly and Annotation Tool for New Genomes and Upgrade of Known Genomes JO - Genomics, Proteomics & Bioinformatics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.gpb.2018.03.006 DO - 10.1016/j.gpb.2018.03.006 ID - Liu2018 ER - TY - JOUR AU - Kolmogorov, M. i. k. h. a. i. l. AU - Armstrong, J. o. e. l. AU - Raney, B. r. i. a. n. J. AU - Streeter, I. a. n. AU - Dunn, M. a. t. t. h. e. w. AU - Yang, F. e. n. g. t. a. n. g. AU - Odom, D. u. n. c. a. n. AU - Flicek, P. a. u. l. AU - Keane, T. h. o. m. a. s. M. AU - Thybert, D. a. v. i. d. AU - Paten, B. e. n. e. d. i. c. t. AU - Pham, S. o. n. PY - 2018 DA - 2018// TI - Chromosome assembly of large and complex genomes using multiple references JO - Genome Research VL - 28 UR - https://doi.org/10.1101/gr.236273.118 DO - 10.1101/gr.236273.118 ID - Kolmogorov2018 ER - TY - JOUR AU - Waterhouse, R. M. AU - Wyder, S. AU - Zdobnov, E. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The Aedes aegypti genome: a comparative perspective JO - Insect Molecular Biology VL - 17 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2583.2008.00772.x DO - 10.1111/j.1365-2583.2008.00772.x ID - Waterhouse2008 ER - TY - JOUR AU - Smith, H. A. AU - White, B. J. AU - Kundert, P. AU - Cheng, C. AU - Romero-Severson, J. AU - Andolfatto, P. AU - Besansky, N. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-wide QTL mapping of saltwater tolerance in sibling species of Anopheles (malaria vector) mosquitoes JO - Heredity VL - 115 UR - https://doi.org/10.1038/hdy.2015.39 DO - 10.1038/hdy.2015.39 ID - Smith2015 ER - TY - JOUR AU - Main, B. r. a. d. l. e. y. J. AU - Lee, Y. o. o. s. o. o. k. AU - Ferguson, H. e. a. t. h. e. r. M. AU - Kreppel, K. a. t. h. a. r. i. n. a. S. AU - Kihonda, A. n. i. c. e. t. AU - Govella, N. i. c. o. d. e. m. J. AU - Collier, T. r. a. v. i. s. C. AU - Cornel, A. n. t. h. o. n. y. J. AU - Eskin, E. l. e. a. z. a. r. AU - Kang, E. u. n. Y. o. n. g. AU - Nieman, C. a. t. e. l. y. n. C. AU - Weakley, A. l. l. i. s. o. n. M. AU - Lanzaro, G. r. e. g. o. r. y. C. PY - 2016 DA - 2016// TI - The Genetic Basis of Host Preference and Resting Behavior in the Major African Malaria Vector, Anopheles arabiensis JO - PLOS Genetics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1006303 DO - 10.1371/journal.pgen.1006303 ID - Main2016 ER - TY - JOUR AU - Kamdem, C. o. l. i. n. c. e. AU - Fouet, C. a. r. o. l. i. n. e. AU - White, B. r. a. d. l. e. y. J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Chromosome arm-specific patterns of polymorphism associated with chromosomal inversions in the major African malaria vector,Anopheles funestus JO - Molecular Ecology VL - 26 UR - https://doi.org/10.1111/mec.14335 DO - 10.1111/mec.14335 ID - Kamdem2017 ER - TY - JOUR AU - Papa, F. r. a. n. c. e. s. c. o. AU - Windbichler, N. i. k. o. l. a. i. AU - Waterhouse, R. o. b. e. r. t. M. AU - Cagnetti, A. l. e. s. s. i. a. AU - D'Amato, R. o. c. c. o. AU - Persampieri, T. a. n. i. a. AU - Lawniczak, M. a. r. a. K. N. AU - Nolan, T. o. n. y. AU - Papathanos, P. h. i. l. i. p. p. o. s. A. r. i. s. PY - 2017 DA - 2017// TI - Rapid evolution of female-biased genes among four species of Anopheles malaria mosquitoes JO - Genome Research VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.217216.116 DO - 10.1101/gr.217216.116 ID - Papa2017 ER - TY - JOUR AU - Deitz, K. e. v. i. n. C. AU - Takken, W. i. l. l. e. m. AU - Slotman, M. i. c. h. e. l. A. PY - 2018 DA - 2018// TI - The Effect of Hybridization on Dosage Compensation in Member Species of the Anopheles gambiae Species Complex JO - Genome Biology and Evolution VL - 10 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evy108 DO - 10.1093/gbe/evy108 ID - Deitz2018 ER - TY - JOUR AU - Pease, J. B. AU - Hahn, M. W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Sex chromosomes evolved from independent ancestral linkage groups in winged insects JO - Mol Biol Evol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mss010 DO - 10.1093/molbev/mss010 ID - Pease2012 ER - TY - JOUR AU - Vicoso, B. AU - Bachtrog, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Numerous transitions of sex chromosomes in Diptera JO - PLoS Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1002078 DO - 10.1371/journal.pbio.1002078 ID - Vicoso2015 ER - TY - JOUR AU - Zdobnov, E. M. AU - Tegenfeldt, F. AU - Kuznetsov, D. AU - Waterhouse, R. M. AU - Simao, F. A. AU - Ioannidis, P. PY - 2017 DA - 2017// TI - OrthoDB v9.1: cataloging evolutionary and functional annotations for animal, fungal, plant, archaeal, bacterial and viral orthologs JO - Nucleic Acids Res VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw1119 DO - 10.1093/nar/gkw1119 ID - Zdobnov2017 ER - TY - CHAP AU - Sharakhova, M. V. AU - Artemov, G. N. AU - Timoshevskiy, V. A. AU - Sharakhov, I. V. PY - 2019 DA - 2019// TI - Physical genome mapping using fluorescence in situ hybridization with mosquito chromosomes BT - Methods in molecular biology ID - Sharakhova2019 ER - TY - JOUR AU - Artemov, G. N. AU - Stegniy, V. N. AU - Sharakhova, M. V. AU - Sharakhov, I. V. PY - 2018 DA - 2018// TI - The development of cytogenetic maps for malaria mosquitoes JO - Insects. VL - 9 UR - https://doi.org/10.3390/insects9030121 DO - 10.3390/insects9030121 ID - Artemov2018 ER - TY - JOUR AU - Sharakhova, M. a. r. i. a. V. AU - Unger, M. a. r. i. a. F. AU - Tu, Z. h. i. j. i. a. n. AU - Sharakhov, I. g. o. r. V. AU - Shouche, Y. o. g. e. s. h. S. AU - Xia, A. i. PY - 2010 DA - 2010// TI - A Physical Map for an Asian Malaria Mosquito, Anopheles stephensi JO - The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene VL - 83 UR - https://doi.org/10.4269/ajtmh.2010.10-0366 DO - 10.4269/ajtmh.2010.10-0366 ID - Sharakhova2010 ER - TY - JOUR AU - Nystedt, B. AU - Street, N. R. AU - Wetterbom, A. AU - Zuccolo, A. AU - Lin, Y. C. AU - Scofield, D. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution JO - Nature. VL - 497 UR - https://doi.org/10.1038/nature12211 DO - 10.1038/nature12211 ID - Nystedt2013 ER - TY - JOUR AU - Zimin, A. AU - Stevens, K. A. AU - Crepeau, M. W. AU - Holtz-Morris, A. AU - Koriabine, M. AU - Marçais, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Sequencing and assembly of the 22-Gb loblolly pine genome JO - Genetics. VL - 196 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.113.159715 DO - 10.1534/genetics.113.159715 ID - Zimin2014 ER - TY - JOUR AU - Jiang, X. i. a. o. f. a. n. g. AU - Biedler, J. a. m. e. s. K. AU - Qi, Y. u. m. i. n. AU - Hall, A. n. d. r. e. w. B. r. a. n. t. l. e. y. AU - Tu, Z. h. i. j. i. a. n. PY - 2015 DA - 2015// TI - Complete Dosage Compensation inAnopheles stephensiand the Evolution of Sex-Biased Genes in Mosquitoes JO - Genome Biology and Evolution VL - 7 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evv115 DO - 10.1093/gbe/evv115 ID - Jiang2015 ER - TY - JOUR AU - Song, L. i. AU - Shankar, D. h. r. u. v. S. AU - Florea, L. i. l. i. a. n. a. PY - 2016 DA - 2016// TI - Rascaf: Improving Genome Assembly with RNA Sequencing Data JO - The Plant Genome VL - 9 UR - https://doi.org/10.3835/plantgenome2016.03.0027 DO - 10.3835/plantgenome2016.03.0027 ID - Song2016 ER - TY - JOUR AU - Wences, A. H. AU - Schatz, M. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Metassembler: merging and optimizing de novo genome assemblies JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0764-4 DO - 10.1186/s13059-015-0764-4 ID - Wences2015 ER - TY - JOUR AU - Boetzer, M. AU - Henkel, C. V. AU - Jansen, H. J. AU - Butler, D. AU - Pirovano, W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Scaffolding pre-assembled contigs using SSPACE JO - Bioinformatics. VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq683 DO - 10.1093/bioinformatics/btq683 ID - Boetzer2011 ER - TY - STD TI - Harris RS. Improved pairwise alignment of genomic DNA: The Pennsylvania State University; 2007. ID - ref101 ER - TY - JOUR AU - Waterhouse, R. M. AU - Seppey, M. AU - Simão, F. A. AU - Manni, M. AU - Ioannidis, P. AU - Klioutchnikov, G. PY - 2018 DA - 2018// TI - BUSCO applications from quality assessments to gene prediction and phylogenomics JO - Mol Biol Evol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msx319 DO - 10.1093/molbev/msx319 ID - Waterhouse2018 ER -