Skip to main content

Table 5 Mean pairwise K a /K s values for all pairwise combinations of a given homology group using two methods (yn00 and codeml).

From: Identification of novel conserved peptide uORF homology groups in Arabidopsis and rice reveals ancient eukaryotic origin of select groups and preferential association with transcription factor-encoding genes

Homology group uORF mORF
  yn00 codeml yn00 codeml
1 0.20 0.16 0.22 0.11
2 0.28 0.15 0.29 0.19
3 0.13 0.11 0.15 0.09
4 0.19 0.18 0.21 0.22
5 0.06 0.06 0.06 0.08
6 0.43 0.01a 0.10 0.08
7 0.43 0.89 0.09 0.05
8 0.14 0.01a 0.11 0.09
9 0.19 0.05 0.20 0.09
10.1b 0.69 0.48 0.10 0.10
10.2b 0.70 0.64   
11 0.13 0.09 0.13 0.09
12 0.25 0.26 0.15 0.09
13 0.07 0.04 0.10 0.09
14 0.17 0.05 0.14 0.01a
15.1b 0.31 0.17 0.34 0.21
15.2b 0.03 0.07   
15.3b 0.37 0.16   
16 0.30 0.11 0.10 0.11
17 0.28 0.24 0.41 0.11
18 0.26 0.01a 0.15 0.01a
19 0.00a 0.01a 0.01a 0.01a
20 0.13 0.17 0.48 0.39
21 0.47 0.44 0.11 0.09
22 0.52 0.16 0.09 0.09
23 0.57 0.43 0.23 0.21
24 0.18 0.20 0.22 0.20
25 0.53 0.50 0.16 0.14
26 0.37 0.28 0.23 0.22
  1. a K a or K s values too high to determine K a /K s ratio accurately.
  2. bDecimal points after homology group numbers are used when multiple independent uORF peptides are conserved within a single transcript.