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Table 1 Most prevalent integrated domains in flowering plants

From: Comparative analysis of plant immune receptor architectures uncovers host proteins likely targeted by pathogens

Integrated domaina Species Families Domain description
Pkinase A. thaliana, B. distachyon, B. napus, B. rapa, F. vesca, H. vulgare, M. domestica, M. guttatus, M. truncatula, O. sativa, P. patens, S. bicolor, S. italica, T. cacao, T. aestivum, T. urartu, V. vinifera, Z. mays Brassicaceae, Fabaceae, Funariaceae, Malvaceae, Phrymaceae, Poaceae, Rosaceae, Vitaceae Protein kinase domain
DUF3542 L. usitatissimum, M. domestica, M. esculenta, M. guttatus, O. sativa, P. persica, P. trichocarpa, S. italica, S. lycopersicum, S. tuberosum, V. vinifera Euphorbiaceae, Linaceae, Phrymaceae, Poaceae, Rosaceae, Salicaceae, Solanaceae, Vitaceae Protein of unknown function (DUF3542)
Pkinase_Tyr B. distachyon, B. napus, B. rapa, F. vesca, G. max, H. vulgare, M. domestica, O. sativa, P. patens, S. bicolor, T. cacao, T. aestivum, T. urartu, V. vinifera Brassicaceae, Fabaceae, Funariaceae, Malvaceae, Poaceae, Rosaceae, Vitaceae Protein tyrosine kinase
WRKY A. lyrata, A. thaliana, B. distachyon, C. grandiflora, C. rubella, G. max, H. vulgare, M. domestica, S. bicolor, S. italica, T. cacao, T. aestivum, T. urartu Brassicaceae, Fabaceae, Malvaceae, Poaceae, Rosaceae WRKY DNA-binding domain
RVT_3 F. vesca, G. max, M. domestica, M. esculenta, P. vulgaris, T. cacao, T. urartu Euphorbiaceae, Fabaceae, Malvaceae, Poaceae, Rosaceae Reverse transcriptase-like
WD40 B. rapa, M. domestica, M. truncatula, O. sativa, S. bicolor, T. cacao Brassicaceae, Fabaceae, Malvaceae, Poaceae, Rosaceae WD domain, G-beta repeat
zf-BED B. distachyon, E. grandis, G. max, H. vulgare, M. truncatula, O. sativa, P. trichocarpa, P. vulgaris, S. italica, T. aestivum, T. urartu Fabaceae, Myrtaceae, Poaceae, Salicaceae BED zinc finger
B3 B. napus, B. rapa, F. vesca, H. vulgare, M. domestica, O. sativa, T. cacao, T. urartu Brassicaceae, Malvaceae, Poaceae, Rosaceae B3 DNA-binding domain
NAM B. napus, M. domestica, P. trichocarpa, S. bicolor, S. italica Brassicaceae, Poaceae, Rosaceae, Salicaceae No apical meristem (NAM) protein
DUF761 C. rubella, C. sativus, L. usitatissimum, O. sativa Brassicaceae, Cucurbitaceae, Linaceae, Poaceae Cotton fiber-expressed protein
UBN2 M. domestica, T. cacao, T. urartu, V. vinifera Malvaceae, Poaceae, Rosaceae, Vitaceae Gag-polypeptide of LTR copia-type
HMA B. napus, C. rubella, M. domestica, M. truncatula, T. urartu Brassicaceae, Fabaceae, Rosaceae, Poaceae Heavy metal-associated domain
Thioredoxin B. distachyon, G. raimondii, H. vulgare, O. sativa, S. bicolor, S. italica, T. aestivum, T. urartu, V. vinifera Malvaceae, Poaceae, Vitaceae Thioredoxin
VQ B. napus, B. rapa, C. grandiflora, C. rubella, E. salsugineum, F. vesca, M. domestica, O. sativa, T. aestivum Brassicaceae, Poaceae, Rosaceae VQ motif
LIM A. thaliana, B. napus, M. domestica, M. truncatula, P. persica Brassicaceae, Fabaceae, Rosaceae LIM domain
zf-RVT G. max, G. raimondii, O. sativa, P. vulgaris, T. urartu Fabaceae, Malvaceae, Poaceae Zinc-binding in reverse transcriptase
C1_2 B. rapa, O. sativa, T. cacao Brassicaceae, Malvaceae, Poaceae C1 domain
DUF4219 G. max, M. domestica, V. vinifera Fabaceae, Rosaceae, Vitaceae Domain of unknown function (DUF4219)
EF_hand_5 M. domestica, P. trichocarpa, T. urartu Poaceae, Rosaceae, Salicaceae EF-hand domain pair
Myb_DNA-binding B. distachyon, E. grandis, R. communis Euphorbiaceae, Myrtaceae, Poaceae Myb-like DNA-binding domain
Peptidase_C48 F. vesca, G. max, Z. mays Fabaceae, Poaceae, Rosaceae Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
gag_pre-integrs M. domestica, T. urartu, V. vinifera Poaceae, Rosaceae, Vitaceae GAG-pre-integrase domain
rve T. cacao, T. urartu, V. vinifera Malvaceae, Poaceae, Vitaceae Integrase core domain
Jacalin B. distachyon, E. grandis, H. vulgare, O. sativa, S. bicolor, S. italica, T. aestivum Myrtaceae, Poaceae Jacalin-like lectin domain
DUF3633 A. thaliana, B. napus, M. domestica, P. persica Brassicaceae, Rosaceae Protein of unknown function (DUF3633)
FNIP H. vulgare, M. truncatula, S. bicolor, S. italica Fabaceae, Poaceae FNIP repeat
Kelch_1 B. napus, H. vulgare, T. aestivum, T. urartu Brassicaceae, Poaceae Kelch motif
PP2C F. vesca, H. vulgare, T. aestivum, T. urartu Poaceae, Rosaceae Protein phosphatase 2C
AvrRpt-cleavage H. vulgare, M. domestica, O. sativa Poaceae, Rosaceae Cleavage site for pathogenic type III effector avirulence factor Avr
CBFB_NFYA B. napus, B. rapa, L. usitatissimum Brassicaceae, Linaceae CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B
DUF4283 F. vesca, M. domestica, M. truncatula Fabaceae, Rosaceae Domain of unknown function (DUF4283)
F-box M. domestica, S. lycopersicum, S. tuberosum Rosaceae, Solanaceae F-box domain
Glutaredoxin H. vulgare, S. bicolor, S. tuberosum Poaceae, Solanaceae Glutaredoxin
PP2 S. bicolor, T. cacao, Z. mays Malvaceae, Poaceae Phloem protein 2
PPR_2 B. napus, F. vesca, M. domestica Brassicaceae, Rosaceae PPR repeat family
PRK G. raimondii, P. persica, T. cacao Malvaceae, Rosaceae Phosphoribulokinase/uridine kinase family
U-box B. napus, B. rapa, F. vesca Brassicaceae, Rosaceae U-box domain
UBN2_3 M. domestica, T. urartu, Z. mays Poaceae, Rosaceae Gag-polypeptide of LTR copia-type
Abhydrolase_6 M. domestica, Z. mays Poaceae, Rosaceae Alpha/beta hydrolase family
B_lectin G. max, V. vinifera Fabaceae, Vitaceae D-mannose binding lectin
C1_3 B. rapa, T. cacao Brassicaceae, Malvaceae C1-like domain
Cyclin_C E. grandis, M. truncatula Fabaceae, Myrtaceae Cyclin, C-terminal domain
Cyclin_N E. grandis, M. truncatula Fabaceae, Myrtaceae Cyclin, N-terminal domain
DUF247 M. domestica, Z. mays Poaceae, Rosaceae Plant protein of unknown function
FBD B. napus, M. domestica Brassicaceae, Rosaceae FBD
Myb_DNA-bind_3 F. vesca, Z. mays Poaceae, Rosaceae Myb/SANT-like DNA-binding domain
PA M. domestica, V. vinifera Rosaceae, Vitaceae PA domain
PAH A. thaliana, Z. mays Brassicaceae, Poaceae Paired amphipathic helix repeat
PARP A. lyrata, T. urartu Brassicaceae, Poaceae Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain
PPR_1 B. napus, M. domestica Brassicaceae, Rosaceae PPR repeat
PTEN_C2 E. grandis, T. urartu Myrtaceae, Poaceae C2 domain of PTEN tumour suppressor protein
Proteasome_A_N M. domestica, P. trichocarpa Rosaceae, Salicaceae Proteasome subunit A N-terminal signature
RVT_2 G. max, T. cacao Fabaceae, Malvaceae Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
S_locus_glycop G. max, V. vinifera Fabaceae, Vitaceae S-locus glycoprotein family
Sugar_tr B. rapa, M. domestica Brassicaceae, Rosaceae Sugar (and other) transporter
TPR_11 P. patens, T. cacao Funariaceae, Malvaceae TPR repeat
TPR_12 C. subellipsoidea, V. carteri Coccomyxaceae, Volvocaceae Tetratricopeptide repeat
UPF0114 L. usitatissimum, M. truncatula Fabaceae, Linaceae Uncharacterized protein family, UPF0114
XH B. rapa, T. urartu Brassicaceae, Poaceae XH domain
zf-CCHC_4 F. vesca, T. urartu Poaceae, Rosaceae Zinc knuckle
zf-RING_2 F. vesca, T. aestivum Poaceae, Rosaceae Ring finger domain
  1. aIntegrated domains present across at least two plant families. Additional file 3 contains the full list of integrated domains. Additional file 6 contains list of domains for each protein