Table 1 Most prevalent integrated domains in flowering plants

Pkinase

A. thaliana, B. distachyon, B. napus, B. rapa, F. vesca, H. vulgare, M. domestica, M. guttatus, M. truncatula, O. sativa, P. patens, S. bicolor, S. italica, T. cacao, T. aestivum, T. urartu, V. vinifera, Z. mays

Brassicaceae, Fabaceae, Funariaceae, Malvaceae, Phrymaceae, Poaceae, Rosaceae, Vitaceae

Protein kinase domain

DUF3542

L. usitatissimum, M. domestica, M. esculenta, M. guttatus, O. sativa, P. persica, P. trichocarpa, S. italica, S. lycopersicum, S. tuberosum, V. vinifera

Euphorbiaceae, Linaceae, Phrymaceae, Poaceae, Rosaceae, Salicaceae, Solanaceae, Vitaceae

Protein of unknown function (DUF3542)

Pkinase_Tyr

B. distachyon, B. napus, B. rapa, F. vesca, G. max, H. vulgare, M. domestica, O. sativa, P. patens, S. bicolor, T. cacao, T. aestivum, T. urartu, V. vinifera

Brassicaceae, Fabaceae, Funariaceae, Malvaceae, Poaceae, Rosaceae, Vitaceae

Protein tyrosine kinase

WRKY

A. lyrata, A. thaliana, B. distachyon, C. grandiflora, C. rubella, G. max, H. vulgare, M. domestica, S. bicolor, S. italica, T. cacao, T. aestivum, T. urartu

Brassicaceae, Fabaceae, Malvaceae, Poaceae, Rosaceae

WRKY DNA-binding domain

RVT_3

F. vesca, G. max, M. domestica, M. esculenta, P. vulgaris, T. cacao, T. urartu

Euphorbiaceae, Fabaceae, Malvaceae, Poaceae, Rosaceae

Reverse transcriptase-like

WD40

B. rapa, M. domestica, M. truncatula, O. sativa, S. bicolor, T. cacao

Brassicaceae, Fabaceae, Malvaceae, Poaceae, Rosaceae

WD domain, G-beta repeat

zf-BED

B. distachyon, E. grandis, G. max, H. vulgare, M. truncatula, O. sativa, P. trichocarpa, P. vulgaris, S. italica, T. aestivum, T. urartu

Fabaceae, Myrtaceae, Poaceae, Salicaceae

BED zinc finger

B3

B. napus, B. rapa, F. vesca, H. vulgare, M. domestica, O. sativa, T. cacao, T. urartu

Brassicaceae, Malvaceae, Poaceae, Rosaceae

B3 DNA-binding domain

NAM

B. napus, M. domestica, P. trichocarpa, S. bicolor, S. italica

Brassicaceae, Poaceae, Rosaceae, Salicaceae

No apical meristem (NAM) protein

DUF761

C. rubella, C. sativus, L. usitatissimum, O. sativa

Brassicaceae, Cucurbitaceae, Linaceae, Poaceae

Cotton fiber-expressed protein

UBN2

M. domestica, T. cacao, T. urartu, V. vinifera

Malvaceae, Poaceae, Rosaceae, Vitaceae

Gag-polypeptide of LTR copia-type

HMA

B. napus, C. rubella, M. domestica, M. truncatula, T. urartu

Brassicaceae, Fabaceae, Rosaceae, Poaceae

Heavy metal-associated domain

Thioredoxin

B. distachyon, G. raimondii, H. vulgare, O. sativa, S. bicolor, S. italica, T. aestivum, T. urartu, V. vinifera

Malvaceae, Poaceae, Vitaceae

Thioredoxin

VQ

B. napus, B. rapa, C. grandiflora, C. rubella, E. salsugineum, F. vesca, M. domestica, O. sativa, T. aestivum

Brassicaceae, Poaceae, Rosaceae

VQ motif

LIM

A. thaliana, B. napus, M. domestica, M. truncatula, P. persica

Brassicaceae, Fabaceae, Rosaceae

LIM domain

zf-RVT

G. max, G. raimondii, O. sativa, P. vulgaris, T. urartu

Fabaceae, Malvaceae, Poaceae

Zinc-binding in reverse transcriptase

C1_2

B. rapa, O. sativa, T. cacao

Brassicaceae, Malvaceae, Poaceae

C1 domain

DUF4219

G. max, M. domestica, V. vinifera

Fabaceae, Rosaceae, Vitaceae

Domain of unknown function (DUF4219)

EF_hand_5

M. domestica, P. trichocarpa, T. urartu

Poaceae, Rosaceae, Salicaceae

EF-hand domain pair

Myb_DNA-binding

B. distachyon, E. grandis, R. communis

Euphorbiaceae, Myrtaceae, Poaceae

Myb-like DNA-binding domain

Peptidase_C48

F. vesca, G. max, Z. mays

Fabaceae, Poaceae, Rosaceae

Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

gag_pre-integrs

M. domestica, T. urartu, V. vinifera

Poaceae, Rosaceae, Vitaceae

GAG-pre-integrase domain

rve

T. cacao, T. urartu, V. vinifera

Malvaceae, Poaceae, Vitaceae

Integrase core domain

Jacalin

B. distachyon, E. grandis, H. vulgare, O. sativa, S. bicolor, S. italica, T. aestivum

Myrtaceae, Poaceae

Jacalin-like lectin domain

DUF3633

A. thaliana, B. napus, M. domestica, P. persica

Brassicaceae, Rosaceae

Protein of unknown function (DUF3633)

FNIP

H. vulgare, M. truncatula, S. bicolor, S. italica

Fabaceae, Poaceae

FNIP repeat

Kelch_1

B. napus, H. vulgare, T. aestivum, T. urartu

Brassicaceae, Poaceae

Kelch motif

PP2C

F. vesca, H. vulgare, T. aestivum, T. urartu

Poaceae, Rosaceae

Protein phosphatase 2C

AvrRpt-cleavage

H. vulgare, M. domestica, O. sativa

Poaceae, Rosaceae

Cleavage site for pathogenic type III effector avirulence factor Avr

CBFB_NFYA

B. napus, B. rapa, L. usitatissimum

Brassicaceae, Linaceae

CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B

DUF4283

F. vesca, M. domestica, M. truncatula

Fabaceae, Rosaceae

Domain of unknown function (DUF4283)

F-box

M. domestica, S. lycopersicum, S. tuberosum

Rosaceae, Solanaceae

F-box domain

Glutaredoxin

H. vulgare, S. bicolor, S. tuberosum

Poaceae, Solanaceae

Glutaredoxin

PP2

S. bicolor, T. cacao, Z. mays

Malvaceae, Poaceae

Phloem protein 2

PPR_2

B. napus, F. vesca, M. domestica

Brassicaceae, Rosaceae

PPR repeat family

PRK

G. raimondii, P. persica, T. cacao

Malvaceae, Rosaceae

Phosphoribulokinase/uridine kinase family

U-box

B. napus, B. rapa, F. vesca

Brassicaceae, Rosaceae

U-box domain

UBN2_3

M. domestica, T. urartu, Z. mays

Poaceae, Rosaceae

Gag-polypeptide of LTR copia-type

Abhydrolase_6

M. domestica, Z. mays

Poaceae, Rosaceae

Alpha/beta hydrolase family

B_lectin

G. max, V. vinifera

Fabaceae, Vitaceae

D-mannose binding lectin

C1_3

B. rapa, T. cacao

Brassicaceae, Malvaceae

C1-like domain

Cyclin_C

E. grandis, M. truncatula

Fabaceae, Myrtaceae

Cyclin, C-terminal domain

Cyclin_N

E. grandis, M. truncatula

Fabaceae, Myrtaceae

Cyclin, N-terminal domain

DUF247

M. domestica, Z. mays

Poaceae, Rosaceae

Plant protein of unknown function

FBD

B. napus, M. domestica

Brassicaceae, Rosaceae

FBD

Myb_DNA-bind_3

F. vesca, Z. mays

Poaceae, Rosaceae

Myb/SANT-like DNA-binding domain

PA

M. domestica, V. vinifera

Rosaceae, Vitaceae

PA domain

PAH

A. thaliana, Z. mays

Brassicaceae, Poaceae

Paired amphipathic helix repeat

PARP

A. lyrata, T. urartu

Brassicaceae, Poaceae

Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain

PPR_1

B. napus, M. domestica

Brassicaceae, Rosaceae

PPR repeat

PTEN_C2

E. grandis, T. urartu

Myrtaceae, Poaceae

C2 domain of PTEN tumour suppressor protein

Proteasome_A_N

M. domestica, P. trichocarpa

Rosaceae, Salicaceae

Proteasome subunit A N-terminal signature

RVT_2

G. max, T. cacao

Fabaceae, Malvaceae

Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

S_locus_glycop

G. max, V. vinifera

Fabaceae, Vitaceae

S-locus glycoprotein family

Sugar_tr

B. rapa, M. domestica

Brassicaceae, Rosaceae

Sugar (and other) transporter

TPR_11

P. patens, T. cacao

Funariaceae, Malvaceae

TPR repeat

TPR_12

C. subellipsoidea, V. carteri

Coccomyxaceae, Volvocaceae

Tetratricopeptide repeat

UPF0114

L. usitatissimum, M. truncatula

Fabaceae, Linaceae

Uncharacterized protein family, UPF0114

XH

B. rapa, T. urartu

Brassicaceae, Poaceae

XH domain

zf-CCHC_4

F. vesca, T. urartu

Poaceae, Rosaceae

Zinc knuckle

zf-RING_2

F. vesca, T. aestivum

Poaceae, Rosaceae

Ring finger domain